Postępowanie kontrolne, niezależnie w jakim przedmiocie, nigdy nie jest przyjemnym procesem. Nawet jeśli przedsiębiorca nie ma nic do ukrycia, to i tak stresuje się przed, w trakcie i zapewne przez jakiś czas po kontroli. Mocno destabilizuje to pracę, gdyż zamiast wydajnie prowadzić biznes, skupia się na weryfikacji dokumentacji firmy i przeglądaniu jej kolejny raz z rzędu. Na szczęście przedsiębiorca nie może być „nękany” cały czas. Prawo przedsiębiorców określa maksymalny okres, w którym odpowiednie organy mogą przeprowadzać swój audyt. Mimo to i tak czas trwania kontroli u przedsiębiorcy sprawia problemy interpretacyjne, ponieważ nie wiadomo, w jaki sposób go liczyć. Zajrzyjmy zatem do orzecznictwa i sprawdźmy, jak na tę sprawę patrzą sądy administracyjne.
Kontrola u przedsiębiorcy – potrzebna, ale bez przesady…
Kontrola działalności gospodarczej to jedno z najbardziej stresogennych procesów w życiu każdego przedsiębiorcy. Z jednej strony jest ona niezbędnym narzędziem nadzoru państwa nad prawidłowością wykonywania obowiązków publicznoprawnych, z drugiej – może istotnie zakłócać bieżące funkcjonowanie firmy, a niekiedy być nawet „legalnym” narzędziem używanym do niszczenia biznesu. Ustawodawca, mając świadomość kolizji interesów na linii urzędy publiczne-przedsiębiorcy, wprowadził w Prawie przedsiębiorców mechanizmy ograniczające czas trwania kontroli. Kluczową regulacją w tym zakresie jest art. 55 ustawy, a od 1 stycznia 2026 roku również art. 55a ustawy.
Wspomniane przepisy stanowią element systemu ochrony przedsiębiorcy w toku kontroli. Przepisy określają maksymalne czasy trwania wszystkich postępowań jednego organu u danego przedsiębiorcy w danym roku kalendarzowym. Ograniczenie to ma charakter gwarancyjny i służy realizacji konstytucyjnej zasady wolności działalności gospodarczej oraz zasady proporcjonalności działań organów administracji publicznej.
Czas trwania kontroli a pojęcie „jednego organu”
Przepis art. 55 Prawa przedsiębiorców w ust. 1 wskazuje, że „czas trwania wszystkich kontroli organu kontroli u przedsiębiorcy w jednym roku kalendarzowym nie może przekraczać […]”. Ustawodawca posłużył się pojęciem „organu”, a nie „organów”. Trzeba to zatem odczytywać jako czas kontroli u przedsiębiorcy przeprowadzanej przez jeden organ publiczny.
Limit czasu kontroli dotyczy każdego organu odrębnie. Oznacza to, że równolegle lub następczo (jeden po drugim) mogą być prowadzone kontrole przez różne organy, np. urząd skarbowy, ZUS, Państwową Inspekcję Pracy, a limity należy liczyć odrębnie dla każdego z nich.
Jednocześnie w praktyce pojawiają się wątpliwości dotyczące sytuacji, w których kontrolę prowadzi jednostka organizacyjna działająca w imieniu tego samego organu. W takim przypadku przyjmuje się, że czas kontroli podlega sumowaniu, ale nie jest to pogląd respektowany przez wszystkie urzędy.
Jaki jest czas trwania kontroli u przedsiębiorcy?
Przejdźmy do najważniejszego – dokładnego czasu trwania kontroli u przedsiębiorców. Czas ten w jednym roku kalendarzowym nie może przekraczać:
dla mikroprzedsiębiorców – 6 dni roboczych,
dla małych przedsiębiorców – 18 dni roboczych,
dla średnich przedsiębiorców – 24 dni roboczych,
dla pozostałych przedsiębiorców – 48 dni roboczych.
Od 1 stycznia 2026 roku wchodzi w życie nowy przepis – art. 55a Prawa przedsiębiorców, który wprowadza dodatkowe ograniczenia. Zgodnie z nim organ kontroli może przeprowadzić kontrolę planową przedsiębiorcy, który został przypisany do jednej z kategorii ryzyka, o których mowa w art. 47 ust. 1, w przypadku:
niskiego ryzyka – nie częściej niż raz w ciągu 5 lat;
średniego ryzyka – nie częściej niż raz w ciągu 3 lat;
wysokiego ryzyka – tak często, jak to jest konieczne dla zapewnienia skutecznego stosowania odpowiednich przepisów, z uwzględnieniem wysokiego ryzyka wystąpienia nieprawidłowości oraz środków niezbędnych do jego ograniczania.
Wskazane terminy wyznaczają maksymalny łączny czas wszystkich kontroli u przedsiębiorcy prowadzonych przez dany organ władzy publicznej w jednym roku kalendarzowym. Co istotne, ustawodawca posługuje się tutaj pojęciem „dni roboczych”, a nie dni kalendarzowych.
Jak liczyć czas trwania kontroli u przedsiębiorcy?
Tutaj wchodzimy na nieco niepewny grunt, gdyż na przestrzeni lat wypracowano kilka niepokrywających się stanowisk co do tego, w jaki sposób należy wyliczać czas trwania kontroli.
W orzecznictwie wskazuje się, że czas kontroli liczony w dniach roboczych trzeba odnieść do kontroli w ścisłym rozumieniu tego pojęcia, więc do tych czynności organów kontroli, które przeprowadzane są u przedsiębiorcy, w jego siedzibie (lub we wskazanym przez niego miejscu), mając przez to wpływ na bieżące funkcjonowanie przedsiębiorstwa. Do dni kontroli należy zaliczyć tylko te, w których pracownicy kontrolującego organu faktycznie przebywali w siedzibie przedsiębiorcy (por. wyrok NSA z 7 czerwca 2017 roku, II FSK 1418/15).
W piśmiennictwie wskazuje się jednak, że ze względu na treść art. 56 Prawa przedsiębiorców, który na zasadzie wyjątku dopuszcza możliwość przerwania kontroli, określając precyzyjnie przesłanki i tryb jej wprowadzenia, a także warunki, po których spełnieniu czasu tej przerwy nie wlicza się do określonego w art. 55 ust. 1 Prawa przedsiębiorców dopuszczalnego czasu trwania kontroli, należy przyjąć, że wszystkie dni robocze w okresie od dnia, w którym organ rozpoczął pierwszą czynność kontrolną, do dnia, w którym została zakończona ostatnia czynność kontrolna, o ile nie zostały objęte przerwą w rozumieniu art. 56 Prawa przedsiębiorców, wliczają się do czasu trwania kontroli, nawet jeżeli w danym dniu organ faktycznie nie przeprowadzał żadnych czynności. Za taką interpretacją przemawiają też względy celowościowe. Należy bowiem przyjąć, że przez cały czas trwania kontroli przedsiębiorca musi się liczyć z różnego rodzaju utrudnieniami wynikającymi z możliwości podejmowania przez organ kontroli kolejnych czynności, co może wpływać na sposób wykonywania działalności gospodarczej w tym okresie, podczas gdy celem regulacji zawartej w art. 55-56 Prawa przedsiębiorców jest ograniczenie tego typu utrudnień.
Co na ten temat myśli Sąd Naczelny?
Ze stanowiskiem szeroko popieranym w doktrynie nie zgadza się Naczelny Sąd Administracyjny. Dał temu zresztą wyraz w niedawnym wyroku z 5 października 2025 roku. NSA wskazał tam, że – zgodnie z preambułą Prawa przedsiębiorców – ustawa ta chroni takie wartości jak praworządność, ochrona i wspieranie działalności gospodarczej, rozwój gospodarki, wzrost dobrobytu społecznego oraz zapewnienie realnej ochrony praw przedsiębiorców. W tym kontekście celem wprowadzenia art. 55 ust. 1 pkt 4 Prawa przedsiębiorców było zabezpieczenie przedsiębiorcy przed nadmiernie długimi, powtarzającymi się i w istocie ciągłymi kontrolami, które dezorganizują i utrudniają prowadzenie działalności gospodarczej.
Utrudnienia w prowadzeniu działalności nie wynikają wyłącznie z czynności wykonywanych bezpośrednio w siedzibie przedsiębiorcy lub w miejscu wykonywania działalności. Wniosek ten wynika z art. 56 ust. 1 Prawa przedsiębiorców, zgodnie z którym okres przerwy w kontroli nie jest wliczany do limitu czasu określonego w art. 55 ust. 1 pkt 4. Oznacza to, że ochrona przedsiębiorcy nie polega wyłącznie na umożliwieniu mu formalnego prowadzenia działalności, lecz także na zapobieganiu innym formom ingerencji, takim jak ograniczenie dostępu do dokumentów lub rzeczy należących do przedsiębiorcy.
Dokonując wykładni celowościowej art. 55 ust. 1 pkt 4 Prawa przedsiębiorców, sąd zwrócił uwagę na konieczność uwzględnienia przepisów szczególnych, o których mowa w art. 45 ust. 2 tej ustawy. Przykładem jest art. 9 ustawy o Państwowej Inspekcji Ochrony Środowiska, który przyznaje inspektorom bardzo szerokie uprawnienia kontrolne. Obejmują one m.in. prawo wstępu o każdej porze do nieruchomości, obiektów i środków transportu, a nawet na teren niezwiązany bezpośrednio z działalnością gospodarczą, a także prawo żądania informacji, wzywania i przesłuchiwania osób. Z regulacji tych wynika, że kontrola może być prowadzona również poza siedzibą przedsiębiorcy lub poza miejscem wykonywania działalności.
NSA przypomniał, że zasadą jest prowadzenie czynności kontrolnych w sposób sprawny i możliwie najmniej uciążliwy dla przedsiębiorcy, co wynika z art. 52 Prawa przedsiębiorców. Z tego względu wykładnia celowościowa prowadzi do wniosku, że czas trwania kontroli należy liczyć jako ciąg kolejnych dni roboczych pomiędzy jej wszczęciem a zakończeniem. Oznacza to następujące po sobie dni robocze, a nie jedynie te dni, w których organ faktycznie wykonywał czynności w siedzibie firmy lub w miejscu prowadzenia działalności. W konsekwencji czas trwania kontroli u przedsiębiorcy w jednym roku kalendarzowym nie może przekroczyć limitów wskazanych w art. 55 ust. 1 Prawa przedsiębiorców, liczonych jako kolejne, następujące po sobie dni robocze, od dnia wszczęcia kontroli do dnia jej zakończenia.
Kiedy limity nie mają zastosowania?
Orzeczenie NSA jest dla przedsiębiorców korzystne, a co za tym idzie, mogą oni liczyć na mniej dni kontroli w ciągu roku. Są jednak takie przypadki, kiedy limity w ogóle nie są brane pod uwagę.
Na takie sytuacje wskazuje ust. 2 art. 55 Prawa przedsiębiorców. Zgodnie z tym przepisem maksymalne terminy nie obowiązują, gdy:
możliwość prowadzenia kontroli przez dłuższy czas przewidują ratyfikowane umowy międzynarodowe albo bezpośrednio stosowane przepisy prawa Unii Europejskiej;
przeprowadzenie kontroli jest niezbędne dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa lub wykroczenia, przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego lub zabezpieczenia dowodów jego popełnienia;
przeprowadzenie kontroli jest uzasadnione bezpośrednim zagrożeniem życia, zdrowia lub środowiska;
kontrola jest prowadzona w toku postępowania prowadzonego na podstawie przepisów ustawy o ochronie konkurencji i konsumentów;
kontrola jest prowadzona na podstawie art. 23b lub art. 23r ust. 1 Prawa energetycznego;
kontrola dotyczy zasadności dokonania zwrotu podatku od towarów i usług przed dokonaniem tego zwrotu;
przeprowadzenie kontroli jest realizacją obowiązków wynikających z przepisów prawa Unii Europejskiej o ochronie konkurencji lub przepisów prawa Unii Europejskiej w zakresie ochrony interesów finansowych Unii Europejskiej;
kontrola dotyczy podmiotów, którym na mocy odrębnych przepisów właściwy organ wydał decyzję o uznaniu prawidłowości wyboru i stosowania metody ustalania ceny transakcyjnej między podmiotami powiązanymi – w zakresie związanym z wykonaniem tej decyzji;
kontrola dotyczy zasadności dokonania zwrotu podatku od towarów i usług na podstawie przepisów o zwrocie osobom fizycznym niektórych wydatków związanych z budownictwem mieszkaniowym;
kontrola dotyczy zasadności dokonania zwrotu podatku od towarów i usług na podstawie przepisów o zwrocie osobom fizycznym niektórych wydatków poniesionych w związku z budową pierwszego własnego mieszkania;
Przedłużenie czasu trwania kontroli
Możliwe jest także przedłużenie czasu trwania kontroli u przedsiębiorcy. Dotyczy to jednak wyłącznie sytuacji określonych ustawowo. Zgodnie z art. 55 ust. 3 Prawa przedsiębiorców możliwe jest przedłużenie czasu trwania kontroli z przyczyn niezależnych od organu kontroli, a także w przypadku ujawnienia w toku prowadzonej kontroli:
zaniżenia zobowiązania podatkowego w wysokości przekraczającej równowartość 10% kwoty zadeklarowanego zobowiązania podatkowego, jednak nie niższej niż 500 zł;
zawyżenia straty w wysokości przekraczającej równowartość 50% kwoty zadeklarowanej straty, jednak nie niższej niż 2500 zł;
faktu niezłożenia deklaracji pomimo takiego obowiązku.
W przypadku zaistnienia którejkolwiek z wymienionych przesłanek wystarczy, że organ kontroli zawiadomi przedsiębiorcę o ujawnionych okolicznościach. Dzięki temu możliwe staje się przedłużenie ustawowego terminu.
Polecamy:
