Nadawanie uprawnień do KSeF dla biura rachunkowego - jak przebiega?

Krajowy System e-Faktur (KSeF) będący ogólnopolskim systemem teleinformatycznym to kolejny krok na drodze do pełnej cyfryzacji, umożliwiający wystawianie i udostępnianie faktur ustrukturyzowanych. KSeF został uruchomiony 1 lutego 2026 roku. Aktualnie posługiwanie się fakturami ustrukturyzowanymi wystawianymi i udostępnianymi za pomocą KSeF jest dla dużych firm (którzy przekroczyli próg 200 mln zł sprzedaży za 2024 r.), a od 1 kwietnia 2026 roku dla pozostałych. W przypadku najmniejszych podatników, których transakcje obejmują niewielkie kwoty (do łącznej wartości do 10 tys. zł miesięcznie) termin wdrożenia zostanie odroczony do 01.01.2027 r. Wprowadzenie obowiązku wystawiania faktur ustrukturyzowanych oznacza, że przedsiębiorcy nie będą mogli dokumentować już transakcji fakturami papierowymi i elektronicznymi (pdf). Do wystawiania faktur ustrukturyzowanych za pośrednictwem Krajowego Systemu e-Faktur może zostać uprawnione biuro rachunkowe. Jak nadać uprawnienia do korzystania z KSeF dla biura rachunkowego?

Kto może korzystać z Krajowego Systemu e-Faktur?

Faktura ustrukturyzowana to faktura, do której wystawienia użyto Krajowego Systemu e-Faktur wraz z przydzielonym jej numerem identyfikującym w KSeF. Przyjmuje ona aktualnie format XML zgodny ze strukturą logiczną e-Faktury FA(3) opublikowaną w Centralnym Repozytorium Wzorów Dokumentów Elektronicznych (CRWDE) na platformie ePUAP.

Przepisy Krajowego Systemu e-Faktur obejmują: 

• czynnych podatników VAT;
• przedsiębiorców korzystających ze zwolnienia z podatku VAT;
• podatników zidentyfikowanych w Polsce do szczególnej procedury unijnej OSS, posiadających polski identyfikator podatkowy NIP.

Choć dla wielu firm KSeF jest już obowiązkiem (stał się obowiązkowy 1 lutego 2026 r. dla dużych przedsiębiorstw (tych, których wartość sprzedaży przekroczyła 200 mln zł w 2024 roku), a dla większości pozostałych podatników wejdzie w życie 1 kwietnia 2026 r.), system nadal oferuje konkretne korzyści finansowe i operacyjne. Najważniejszą z nich jest przyspieszony zwrot podatku VAT, który następuje w terminie 40 dni (zamiast standardowych 60). Aby skorzystać z tego przywileju, należy spełnić dodatkowe warunki określone w art. 87 ust. 5b–5d ustawy o VAT.

Kolejnym ułatwieniem dla przedsiębiorców korzystających z KSeF jest uproszczone rozliczanie faktur korygujących „in minus”, polegające na tym, że podatnik wystawiający faktury korygujące w KSeF nie ma obowiązku posiadania dokumentacji potwierdzającej uzgodnienie/spełnienie warunków obniżenia podstawy opodatkowania VAT, co oznacza, że ma prawo do pomniejszenia podatku należnego w okresie rozliczeniowym, w którym faktura korygująca została wystawiona bez konieczności spełnienia dodatkowych wymogów formalnych.

Faktury za pośrednictwem KSeF są wystawiane według jednego wzorca, co ułatwia i usprawnia proces ich wystawiania oraz księgowania. Dodatkowo, używając Krajowego Systemu e-Faktur, mamy pewność, że trafiły one do kontrahenta. Krajowy System e-Faktur oznacza bezpieczeństwo przechowywania dokumentów, faktury wystawione w KSeF są automatycznie archiwizowane przez okres 10 lat, dokumenty pozostają w bazie danych Ministerstwa Finansów, dzięki czemu nie ulegną zniszczeniu czy zaginięciu, nie ma zatem konieczności wydawania duplikatów faktur wystawionych w KSeF. Korzystanie z Krajowego Systemu e-Faktur to także ograniczenie formalności wobec organów podatkowych, podatnik wystawiający faktury w KSeF nie musi przesyłać na ich żądanie struktury Jednolitego Pliku Kontrolnego dla Faktur (JPK_FA), ponieważ dane te są dostępne dla organów podatkowych w KSeF.

Uprawnienia Krajowego Systemu e-Faktur

W wielu firmach faktury wystawiane są przez osoby uprawnione. Możliwe jest nadanie uprawnień odpowiednim osobom, np. pracownikom administracji czy księgowym do wystawiania faktur za pośrednictwem Krajowego Systemu e-Faktur. Rodzaje uprawnień do korzystania z niego oraz sposoby nadawania, zmiany i odbierania tych uprawnień zostały uregulowane w Rozporządzeniu Ministra Finansów i Gospodarki z dnia 12 grudnia 2025 roku w sprawie korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur.

Na mocy§ 3 ust. 1 rozporządzenia Ministra Finansów i Gospodarki w sprawie korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur, uprawnieniami do korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur są uprawnienia do m.in.:

1. nadawania oraz odbierania uprawnień do korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur;
2. wystawiania lub dostępu do faktur ustrukturyzowanych i faktur wystawianych w trybie offline24, trybie awaryjnym oraz trybie niedostępności;
3. wystawiania faktur przez nabywcę towarów i usług zgodnie z art. 106d ust. 1 ustawy VAT (samofakturowanie),
4. wystawiania faktur VAT RR i faktur RR KOREKTA przy użyciu KSeF.

Zgodnie z nowym brzmieniem § 3 rozporządzenia Ministra Finansów i Gospodarki w sprawie korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur, krąg podmiotów posiadających uprawnienia do nadawania uprawnień wystawiania lub dostępu do faktur ustrukturyzowanych został precyzyjnie doprecyzowany i obejmuje:

1. podatnika;
2. podmioty egzekucyjne (komornicy, organy egzekucyjne wymienione w art. 106c ustawy);
3. osobę fizyczną wskazaną przez podatnika ((w tym również wskazaną przez reprezentantów jednostek wewnętrznych, jednostek samorządu terytorialnego czy grup VAT);
4. osobę fizyczną wskazaną przez inną osobę fizyczną, która posiada uprawnienia do zarządzania dostępami (tzw. dalsze pełnomocnictwo);
5. podmiot (niebędący osobą fizyczną) wskazany przez podatnika (np. biuro rachunkowe, w tym wskazane przez jednostki samorządu czy grupy VAT);
6. osobę fizyczną wskazaną przez ten podmiot (np. konkretna księgowa z biura rachunkowego, które zostało upoważnione przez podatnika).

Nadawanie, zmiana lub odbieranie uprawnień jest możliwe:

• elektronicznie – za pomocą oprogramowania interfejsowego – podatnik lub inny uprawniony podmiot wskazuje wymagany zakres danych w celu nadania, zmiany lub odebrania uprawnień;
• w postaci papierowej przez złożenie do właściwego naczelnika urzędu skarbowego zawiadomienia o nadaniu lub odebraniu uprawnień (ZAW-FA) do korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur, przewidziane dla podatników i podmiotów, którzy nie są osobami fizycznymi i nie posiadają możliwości uwierzytelnienia się za pomocą kwalifikowanej pieczęci elektronicznej.

Uprawnienia do korzystania z KSeF dla biura rachunkowego

Relacja KSeF a biuro rachunkowe jest kluczowa dla wielu przedsiębiorców, którzy zlecają na zewnątrz prowadzenie księgowości i wystawianie faktur. W szczególności przedsiębiorca może upoważnić biuro rachunkowe lub konkretne osoby fizyczne, np. bezpośrednio pracowników biura rachunkowego, do wystawiania i dostępu do faktur ustrukturyzowanych.

Zależności na linii KSeF a biura rachunkowe budzą liczne pytania podatników. Wątpliwości w zakresie przekazywania uprawnień do wystawiania i dostępu do faktur ustrukturyzowanych dla biura rachunkowego lub konkretnych pracowników biura rachunkowego zostały wyjaśnione w pytaniach i odpowiedziach Ministerstwa Finansów.

1. Czy jeśli moje faktury sprzedażowe wystawia w moim imieniu biuro rachunkowe, to czy będę musiał każdorazowo upoważniać do wystawiania faktur poszczególnych pracowników tego biura rachunkowego?

„W KSeF przewidziana jest możliwość, aby podatnik wskazał podmiot uprawniony do wystawiania faktur np. biuro rachunkowe. W takim przypadku faktury podatnika mogą wystawiać osoby fizyczne uprawnione do wystawiania faktur w imieniu tego podmiotu, czyli pracownicy tego biura”.

2. Czy mogę wskazywać jako osoby uprawnione do wystawiania faktur w moim imieniu osoby spoza mojej firmy, np. bezpośrednio pracowników biura rachunkowego, czy muszę wskazywać to biuro?

„W ramach KSeF podatnik ma wybór czy chce sam bezpośrednio nadawać uprawnienia konkretnym osobom fizycznym, także spoza własnej organizacji, czy wskazać podmiot uprawniony do wystawiania i/lub otrzymywania faktur i umożliwiać pośrednie przekazywanie uprawnień”.

Przykład 1.

Pani Monika prowadzi jednoosobową działalność gospodarczą i jest zarejestrowana jako podatnik VAT czynny. Ze względu na liczne obowiązki związane z prowadzeniem działalności gospodarczej część prac biurowych zleca firmom zewnętrznym. Biuro rachunkowe zajmujące się prowadzeniem księgowości firmy pani Moniki zgodnie z umową zawartą między nimi jest odpowiedzialne także za wystawianie faktur sprzedaży – na podstawie informacji przekazywanych przez przedsiębiorcę. Pani Monika ze względu na preferencje przewidziane dla podatników chciałaby zacząć korzystać z Krajowego Systemu e-Faktur. Czy możliwe jest, aby biuro rachunkowe zostało uprawnione do wystawiania faktur ustrukturyzowanych w jej imieniu? Czy pani Monika, przydzielając uprawnienie do korzystania z KSeF, może wskazać konkretnego pracownika biura rachunkowego zajmującego się dotychczas wystawianiem faktur w jej imieniu?

Pani Monika może wskazać podmiot uprawniony do wystawiania faktur w jej imieniu, w szczególności biuro rachunkowe. Wybierając takie rozwiązanie, faktury dla niej będą mogły wystawiać osoby fizyczne uprawnione do wystawiania faktur w imieniu wskazanego przez nią podmiotu, czyli pracownicy danego biura rachunkowego. Pani Monika może także bezpośrednio nadawać uprawnienia konkretnym osobom fizycznym, w szczególności pracownikom danego biura rachunkowego. Możliwe jest zatem wskazanie konkretnego pracownika biura rachunkowego jako osoby uprawnionej do wystawiania faktur w KSeF w imieniu pani Moniki. 

Podatnik może zatem zdecydować, czy woli bezpośrednio nadawać uprawnienia konkretnym osobom fizycznym, także spoza własnej firmy, np. pracownikom biura rachunkowego, czy wskazać podmiot uprawniony do wystawiania i/lub otrzymywania faktur, w szczególności nadać uprawnienia do korzystania z KSeF dla biura rachunkowego i umożliwiać temu podmiotowi pośrednie przekazywanie uprawnień.