Krajowy System e-Faktur a warianty zapisów w umowie z biurem

Obowiązek wystawiania faktur ustrukturyzowanych przy pomocy KSEF wszedł w życie od 1 lutego 2026 roku w przypadku dużych podatników, a w przypadku pozostałych podatników od 1 kwietnia 2026 roku. Warto sprawdzić, jak Krajowy System e-Faktur wpływa na relacje z księgowością i jak odpowiednio dostosować umowy o świadczenie usług.

Krajowy System e-Faktur

Krajowy System e-Faktur to teleinformatyczny system administrowany i zarządzany przez Szefa Krajowej Administracji Skarbowej służący do przede wszystkim do wystawiania, odbierania i archiwizowania faktur ustrukturyzowanych.

Faktura ustrukturyzowana to elektroniczna faktura sprzedaży, która jest wystawiana i otrzymywana przy użyciu elektronicznego Krajowego Systemu e-Faktur za pomocą oprogramowania interfejsowego zgodnie ze wzorem (udostępnianym przez KSEF) dokumentu elektronicznego.

Zgodnie z art. 106nd ust. 1 Ustawy z dnia 11 marca 2004 roku o podatku od towarów i usług Krajowy System e-Faktur służy do:

• nadawania, zmiany lub odbierania uprawnień do korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur;
• powiadamiania uprawnionych podmiotów do KSEF o nadanych uprawnieniach do korzystania z KSEF lub ich odebraniu;
• uwierzytelnienia oraz weryfikacji uprawnień do korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur, posiadanych przez podmioty uprawnione do korzystania z KSEF;
• wystawiania, otrzymywania, podglądu faktur ustrukturyzowanych;
• przechowywania faktur ustrukturyzowanych;
• oznaczania faktur ustrukturyzowanych numerem identyfikującym przydzielonym w Krajowym Systemie e-Faktur;
• powiadamiania podmiotów uprawnionych (uwierzytelnionych) o dacie i czasie wystawienia faktury ustrukturyzowanej oraz numerze identyfikującym fakturę ustrukturyzowaną przydzielonym w Krajowym Systemie e-Faktur oraz dacie i czasie jego przydzielenia;
• powiadamiania podmiotów uprawnionych (uwierzytelnionych) o dacie i czasie odrzucenia faktury w przypadku jej niezgodności ze wzorem faktury udostępnionym przez KSEF;
• powiadamiania podmiotów uprawnionych (uwierzytelnionych) o braku możliwości wystawienia faktury ustrukturyzowanej – w przypadku niedostępności Krajowego Systemu e-Faktur;
• powiadamiania podmiotów innych niż uprawnione (uwierzytelnione) o braku uprawnień do korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur;
• analizy i kontroli prawidłowości danych z faktur ustrukturyzowanych.

Znajomość obowiązków wynikających ze stosowania Krajowego Systemu e-Faktur

Każdy wariant umowy o świadczenie usług księgowych z uwzględnieniem obowiązku wystawiania i odbierania faktur ustrukturyzowanych przy pomocy KSEF powinien zawierać oświadczenie przedsiębiorcy zlecającego prowadzenie księgowości (zleceniodawcy) o znajomości zasad fakturowania wynikających z ustawy o VAT (zasad ogólnych z uwzględnieniem Krajowego Systemu e-Faktur).

Co więcej, w zakresie, w jakim jest to konieczne, powinien widnieć zapis o obowiązku dostarczenia/zapewnienia dostępu do oprogramowania klienta dla realizacji obowiązków (na rzecz i w imieniu klienta) wynikających z KSEF.

Poza ogólnymi zapisami w umowie pomiędzy klientem a biurem warto dołączyć specjalny załącznik, w którym szczegółowo zostanie opisany wariant współpracy klienta z biurem na gruncie realizacji obowiązków wynikających z KSEF.

Załącznik z niektórymi warunkami realizacji obowiązków względem KSEF – podatnik samodzielnie wystawia faktury

Pierwszy wariant umowy/załącznika dotyczy sytuacji, w której podatnik będzie samodzielnie wystawiał, ale i odbierał faktury ustrukturyzowane w KSEF.

Kluczowe zapisy w tym formacie umowy mogą dotyczyć m.in.:

• obowiązku przekazywania faktur ustrukturyzowanych zarówno wystawionych, jak i odebranych, oraz faktur wystawionych i otrzymanych poza KSEF z wyjaśnieniem przyczyn wystawienia poza KSEF (wraz z dołączoną dokumentacją);
• formatu przekazywania faktur ustrukturyzowanych;
• odpowiedzialności podatnika za rzetelność wystawienia faktur ustrukturyzowanych przy pomocy KSEF (faktyczne wystąpienie sprzedaży lub innej czynności skutkującej obowiązkiem wystawienia faktury, określenie rzeczywistej wartości na fakturze itd.);
• braku uwzględnienia przez biuro w dokonywanych rozliczeniach podatkowych faktur ustrukturyzowanych przekazanych z brakami, tzn. brak kodu QR, brak wczytania faktury po ustaniu awarii do KSEF, brak wystawienia faktury wbrew obowiązkowi itd. (można natomiast dodać zapis, że gdy podatnik wyjaśni niedomagania danej faktury, sporządzi korektę lub dokona innej czynności, której skutkiem będzie możliwość prawidłowego odczytu faktury – taka faktura będzie uwzględniania w rozliczeniach przez biuro);
• właściwego oznaczenia czynności wymagającej wystawienia przez podatnika faktury ustrukturyzowanej (zaliczka, przedpłata, dostawa towarów, zakończenie usług, cykliczność usług, okresy rozliczeniowe itd.);
• właściwego oznaczenia na fakturze – chodzi o wszystkie informacje, na podstawie których biuro dokonuje oznaczeń w ewidencji JPK_VAT (powiązania, oznaczenia PKWiU, CN, VAT-MARŻA, faktury dla osoby prywatnej, wiele innych);
• odpowiedniego oznaczania sposobu płatności, rozliczeń za transakcję dotyczącą faktury ustrukturyzowanej;
• wyjaśniania przyczyn odnośnie do wystawionych przez podatnika faktur korygujących;
• dołączenia załączników, jeżeli wystąpiły;
• odpowiedzialności podatnika za odbiór faktur ustrukturyzowanych przy pomocy KSEF;
• wyodrębniania faktur wystawionych na cele prywatne, jeżeli takie podatnik wystawił w KSEF (omyłkowo lub nie);
• pozostałe kwestie.

Należy podkreślić, że w tym wariancie umowy/załącznika szczególnie ważne jest, aby podatnik zobowiązał się do terminowego (określenie konkretnego terminu) dostarczania faktur i innych dokumentów. Od tego zależy terminowość realizacji usług księgowych przez biuro.

Istotne jest także bieżące wyjaśnienie niejasności, szczególnie nie gruncie KSEF.

Załącznik z niektórymi warunkami realizacji obowiązków względem KSEF – systemy biura i podatnika będą połączone

Drugi wariant umowy/załącznika zakłada połączenie systemów biura i podatnika celem realizacji obowiązków na gruncie KSEF. Chodzi tu jednak o to, że biuro ma pełny wgląd do dokumentów podatnika w KSEF, a podatnik ma pełny wgląd na swoje konto rozliczeniowe założone w biurze, natomiast to podatnik wystawia i odbiera faktury ustrukturyzowane w KSEF. W tym wariancie zatem to podatnik musi zobowiązać się do samodzielnego wystawiania i odbierania faktur ustrukturyzowanych przy pomocy KSEF, przy użyciu własnego systemu informatycznego. Natomiast system biura jest połączony z systemem podatnika, co skutkuje bieżącym wglądem do dokumentów podatnika w KSEF.

Warto podkreślić, że istotne w tym wariancie znaczenie może mieć desygnowanie konkretnego pracownika biura, który będzie miał dostęp do dokumentów podatnika w KSEF.

W tym wariancie podatnik musi oczywiście nadać odpowiednie uprawnienia dla podmiotu albo osoby, która będzie wspomagała wykonanie obowiązków przez podatnika względem KSEF.

Niezwykle istotne w tym formacie umowy/załącznika jest to, aby podatnik nadał wyłączny dostęp do systemu KSEF. Chodzi o wyeliminowanie przypadków, w których osoby trzecie miałyby dostęp do dokumentów podatnika w KSEF i wchodziłyby w kompetencje biura w tym zakresie.

Poza powyższymi zapisami podstawowe zapisy dotyczące wystawiania i odbierania faktur ustrukturyzowanych w tym formacie umowy mogą dotyczyć m.in.:

• obowiązku przekazywania faktur ustrukturyzowanych, zarówno wystawionych, jak i odebranych, oraz faktur wystawionych i otrzymanych poza KSEF z wyjaśnieniem przyczyn wystawienia poza KSEF (wraz z dołączoną dokumentacją);
• odpowiedzialności podatnika za rzetelność wystawienia faktur ustrukturyzowanych przy pomocy KSEF (faktyczne wystąpienie sprzedaży lub innej czynności skutkującej obowiązkiem wystawienia faktury, określenie rzeczywistej wartości na fakturze itd.);
• braku uwzględnienia przez biuro w dokonywanych rozliczeniach podatkowych faktur ustrukturyzowanych przekazanych z brakami, tzn. brak kodu QR, brak wczytania faktury po ustaniu awarii do KSEF, brak wystawienia faktury wbrew obowiązkowi itd. (można natomiast dodać zapis, że gdy podatnik wyjaśni niedomagania danej faktury, sporządzi korektę lub dokona innej czynności, której skutkiem będzie możliwość prawidłowego odczytu faktury – taka faktura będzie uwzględniania w rozliczeniach przez biuro);
• właściwego oznaczenia czynności wymagającej wystawienia przez podatnika faktury ustrukturyzowanej (zaliczka, przedpłata, dostawa towarów, zakończenie usług, cykliczność usług, okresy rozliczeniowe itd.);
• właściwego oznaczenia na fakturze – chodzi o wszystkie informacje, na podstawie których biuro dokonuje oznaczeń w ewidencji JPK_VAT (powiązania, oznaczenia PKWiU, CN, VAT-MARŻA, faktury dla osoby prywatnej, wiele innych);
• odpowiedniego oznaczania sposobu płatności, rozliczeń za transakcję dotyczącą faktury ustrukturyzowanej;
• wyjaśniania przyczyn odnośnie do wystawionych przez podatnika faktur korygujących;
• dołączenia załączników, jeżeli wystąpiły;
• odpowiedzialności podatnika za odbiór faktur ustrukturyzowanych przy pomocy KSEF;
• wyodrębniania faktur wystawionych na cele prywatne, jeżeli takie podatnik wystawił w KSEF (omyłkowo lub nie);
• pozostałe kwestie.

Należy podkreślić, że ważne w tym wariancie będzie również to, aby podatnik zobowiązał się do terminowego (określenie konkretnego terminu) dostarczania faktur i innych dokumentów. Od tego zależy terminowość realizacji usług księgowych przez biuro.

Istotne jest także bieżące wyjaśnienie niejasności, szczególnie nie gruncie KSEF.

Załącznik z niektórymi warunkami realizacji obowiązków względem KSEF – podatnik wystawia faktury przy pomocy systemu biura

Ostatni omawiany wariant umowy/załącznika zakłada samodzielne wystawianie faktur ustrukturyzowanych przy pomocy KSEF realizowane za pomocą systemu biura.

Również w tym wariancie podatnik musi nadać odpowiednie uprawnienia dla podmiotu albo osoby, która będzie wspomagała wykonanie obowiązków przez podatnika względem KSEF.

Kluczowe w tym wariancie może być dedykowanie konkretnego pracownika biura, który będzie miał dostęp do dokumentów podatnika w KSEF.

Oczywiście biuro ma pełny wgląd w swoim systemie do dokumentów podatnika w KSEF, ale i podatnik ma pełny wgląd do systemu biura zarówno na gruncie dokumentów KSEF, jak i bieżących rozliczeń podatkowych.

W tym wariancie podatnik zobowiązuje się wprawdzie do samodzielnego wystawiania i odbierania faktur ustrukturyzowanych w KSEF, ale przy użyciu systemu informatycznego biura.

Natomiast biuro gwarantuje połączenie swojego systemu z kontem podatnika w KSEF. To połączenie pozwala na wystawianie i odbiór faktur przez podatnika w systemie biura.

Poza powyższymi zapisami podstawowe zapisy dotyczące wystawiania i odbierania faktur ustrukturyzowanych w tym formacie umowy mogą dotyczyć m.in.:

• odpowiedzialności podatnika za rzetelność wystawienia faktur ustrukturyzowanych przy pomocy KSEF (faktyczne wystąpienie sprzedaży lub innej czynności skutkującej obowiązkiem wystawienia faktury, określenie rzeczywistej wartości na fakturze itd.);
• braku uwzględnienia przez biuro w dokonywanych rozliczeniach podatkowych faktur ustrukturyzowanych przekazanych z brakami, tzn. brak kodu QR, brak wczytania faktury po ustaniu awarii do KSEF, brak wystawienia faktury wbrew obowiązkowi itd. (można natomiast dodać zapis, że gdy podatnik wyjaśni niedomagania danej faktury, sporządzi korektę lub dokona innej czynności, której skutkiem będzie możliwość prawidłowego odczytu faktury – taka faktura będzie uwzględniana w rozliczeniach przez biuro);
• właściwego oznaczenia czynności wymagającej wystawienia przez podatnika faktury ustrukturyzowanej (zaliczka, przedpłata, dostawa towarów, zakończenie usług, cykliczność usług, okresy rozliczeniowe itd.);
• właściwego oznaczenia na fakturze – chodzi o wszystkie informacje, na podstawie których biuro dokonuje oznaczeń w ewidencji JPK_VAT (powiązania, oznaczenia PKWiU, CN, VAT-MARŻA, faktury dla osoby prywatnej, wiele innych);
• odpowiedniego oznaczania sposobu płatności, rozliczeń za transakcję dotyczącą faktury ustrukturyzowanej;
• wyjaśniania przyczyn odnośnie do wystawionych przez podatnika faktur korygujących;
• dołączania załączników, jeżeli wystąpiły;
• odpowiedzialności podatnika za odbiór faktur ustrukturyzowanych przy pomocy KSEF;
• wyodrębniania faktur wystawionych na cele prywatne, jeżeli takie podatnik wystawił w KSEF (omyłkowo lub nie);
• pozostałe kwestie.

W tym wariancie umowy/załącznika należy rozróżnić co najmniej dwie grupy podatników:

1. podatnik przy pomocy systemu biura wystawia i odbiera faktury ustrukturyzowane, a następnie przez np. bufor systemu biura przesyła je do księgowania;
2. podatnik przy pomocy systemu biura wystawia i odbiera faktury ustrukturyzowane, ale nadał takie uprawnienia dla systemu biura, które skutkują automatycznym pobraniem wszystkich wystawionych i odebranych faktur w KSEF do systemu biura, do sekcji do zaksięgowania i rozliczenia.

Na koniec należy zaznaczyć, że również w tym wariancie podatnik musi zobowiązać się do terminowego (określenie konkretnego terminu) dostarczania faktur i innych dokumentów. Od tego zależy terminowość realizacji usług księgowych przez biuro.

Istotne jest także bieżące wyjaśnienie niejasności, szczególnie nie gruncie KSEF.