KSeF a JPK - czy mogą funkcjonować jednocześnie?

Od kilku lat skutecznie funkcjonuje przesyłanie do organów podatkowych plików JPK VAT. Równocześnie od 2026 roku obowiązkowe stanie się korzystanie z systemu KSeF. W związku z tym warto zastanowić się, czy oba te systemy mogą funkcjonować równolegle.

Obowiązek przesyłania plików JPK VAT

Jednym z podstawowych obowiązków czynnych podatników podatku VAT jest przesyłanie do właściwego urzędu skarbowego deklaracji podatkowych za okresy miesięczne lub kwartalne. Deklaracje te zawierają dane niezbędne do rozliczenia podatku, obliczenia jego wysokości, w tym wysokości podstawy opodatkowania, podatku należnego i podatku naliczonego, a także dane dotyczące podatnika.

Stosownie do treści art. 99 ust. 11b ustawy o VAT deklaracje, o których mowa w ust. 1-3, 3c-6, 8-9 i 11a, składa się wyłącznie za pomocą środków komunikacji elektronicznej.

Zgodnie z art. 99 ust. 11c ustawy o VAT deklaracje podatkowe są składane zgodnie ze wzorem dokumentu elektronicznego, który obejmuje deklarację i ewidencję, o której mowa w art. 109 ust. 3. Dokument elektroniczny, o którym mowa w zdaniu pierwszym, jest przesyłany w sposób określony w przepisach wydanych na podstawie art. 193a Ordynacji podatkowej i zgodnie z wymaganiami określonymi w tych przepisach (tzw. Jednolity Plik Kontrolny).

Jak wskazał WSA w Gliwicach w wyroku z 2 marca 2022 roku (I SA/Gl 1602/21), struktura, o jakiej mowa w art. 193a § 2 Ordynacji podatkowej, to schematy informatyczne stanowiące standard służący do definiowania struktury dokumentu XML wykorzystywany do komunikacji pomiędzy systemami teleinformatycznymi. Nie jest to zatem przepis prawa nakładający obowiązek posiadania dokumentu w określonej formie elektronicznej, a jedynie określony sposób jego przekazywania.

#zobacztez

Należy podkreślić, że plik JPK VAT składa się nie tylko z części obejmującej deklarację, ale też z części obejmującej ewidencję, o której mowa w art. 109 ust. 3 ustawy o VAT.

Zgodnie z ww. przepisem podatnicy, z wyjątkiem podatników wykonujących wyłącznie czynności zwolnione od podatku na podstawie art. 43 ust. 1 lub przepisów wydanych na podstawie art. 82 ust. 3 oraz podatników, u których sprzedaż jest zwolniona od podatku na podstawie art. 113 ust. 1 lub 9, są obowiązani prowadzić ewidencję zawierającą dane pozwalające na prawidłowe rozliczenie podatku i sporządzenie informacji podsumowującej, w szczególności dane dotyczące:

1. rodzaju sprzedaży i podstawy opodatkowania, wysokości kwoty podatku należnego, w tym korekty podatku należnego, z podziałem na stawki podatku;
2. kwoty podatku naliczonego obniżającego kwotę podatku należnego, w tym korekty podatku naliczonego;
3. kontrahentów;
4. dowodów sprzedaży i zakupów.

Stosownie do art. 109 ust. 3b ustawy podatnicy są obowiązani przesyłać, na zasadach określonych w art. 99 ust. 11c, za każdy miesiąc do urzędu skarbowego, za pomocą środków komunikacji elektronicznej, ewidencję, o której mowa w ust. 3, łącznie z deklaracją podatkową, w terminie do złożenia tej deklaracji.

Szczegółowe dane dotyczące części deklaracyjnej oraz ewidencyjnej pliku JPK VAT określa Rozporządzenie z dnia 15 października 2019 roku w sprawie szczegółowego zakresu danych zawartych w deklaracjach podatkowych i w ewidencji w zakresie podatku od towarów i usług.

Dodatkowo w treści rozporządzenia zawarto objaśnienia co do sposobu wypełniania i miejsca składania deklaracji oraz sposób wykazywania danych w ewidencji.

KSeF a JPK VAT - obowiązek stosowania

Krajowy System e-Fakur jest elektronicznym systemem prowadzonym przez Szefa KAS i służącym m.in. do:

1. nadawania, zmiany lub odbierania uprawnień do korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur;
2. powiadamiania podmiotów, o których mowa w art. 106nb, o nadanych uprawnieniach do korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur lub ich odebraniu;
3. uwierzytelnienia oraz weryfikacji uprawnień do korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur, posiadanych przez podmioty, o których mowa w art. 106nb;
4. wystawiania faktur ustrukturyzowanych;
5. dostępu do faktur ustrukturyzowanych;
6. otrzymywania faktur ustrukturyzowanych;
7. przechowywania faktur ustrukturyzowanych;
8. oznaczania faktur ustrukturyzowanych numerem identyfikującym przydzielonym w Krajowym Systemie e-Faktur.

W aktualnym stanie prawnym system KSeF jest dobrowolny, jednak stanie się on obowiązkowy od 1 lutego 2026 roku dla przedsiębiorców, których wartość sprzedaży (wraz z kwotą podatku) przekroczyła w 2024 roku 200 mln zł, a od 1 kwietnia 2026 roku dla pozostałych przedsiębiorców. 

Jak wynika z treści art. 106ga ustawy o VAT (który obowiązywać będzie od 1 lutego 2026 roku), podatnicy są obowiązani wystawiać faktury ustrukturyzowane przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur. Warto też wskazać, że w myśl art. 2 pkt 32a ustawy o VAT faktura ustrukturyzowana to faktura wystawiona przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur wraz z przydzielonym numerem identyfikującym tę fakturę w tym systemie.

Fakturę ustrukturyzowaną uznaje się za wystawioną w dniu jej przesłania do Krajowego Systemu e-Faktur. Faktura ustrukturyzowana jest uznana za otrzymaną przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur w dniu przydzielenia w tym systemie numeru identyfikującego tę fakturę (art. 106na ustawy o VAT).

Z art. 106b ustawy o VAT wynika obowiązek podatnika podatku VAT dokumentowania sprzedaży (tj. odpłatnej dostawy towarów czy też odpłatnego świadczenia usług) przy pomocy faktury. 

Faktura jest dokumentem potwierdzającym zaistnienie zdarzenia gospodarczego (potwierdzeniem nabycia określonych towarów i usług lub otrzymania zaliczki). Wystawienie faktury należy rozumieć jako sporządzenie ww. dokumentu oraz jego przekazanie innemu podmiotowi (nabywcy), a przez to wprowadzenie faktury do obrotu prawnego.

W świetle przepisów dotyczących podatku od towarów i usług faktury są dokumentami potwierdzającymi rzeczywiste transakcje gospodarcze dokonywane przez podatnika. Faktura pełni szczególną funkcję dowodową w prawidłowym wymiarze podatku VAT, dlatego też niezwykle istotne jest prawidłowe oznaczenie wszystkich elementów faktury.

Należy zatem wskazać, że jest to inny typ obowiązku formalnego niż ten związany z przesyłaniem deklaracji VAT i ewidencji VAT. W związku z tym trzeba podkreślić, że obligatoryjny KSeF ani nie wyklucza stosowania plików JPK VAT, ani nie zastępuje obowiązku przesyłania plików JPK VAT.

W treści ustawy o podatku od towarów i usług brak jest przepisów mających charakter norm kolizyjnych w zakresie KSeF oraz JPK VAT. Jest to logiczną konsekwencją tego, że systemy te odnoszą się do zupełnie innych obowiązków formalnych spoczywających na czynnych podatnikach podatku VAT, a zatem ewentualna kolizja w tym przypadku nie występuje.