Przechowywanie dokumentacji po korekcie zeznania PIT – zasady

Prawidłowe przechowywanie dokumentacji po korekcie zeznania PIT to kluczowy obowiązek każdego przedsiębiorcy, który chce uniknąć negatywnych konsekwencji podczas kontroli skarbowej. Wielu podatników zastanawia się, czy złożenie korekty deklaracji wpływa na ustawowe terminy archiwizacji dokumentów. Sprawdź, jak długo należy gromadzić dowody księgowe, aby w pełni zabezpieczyć interesy swojej firmy.

W przypadku różnego rodzaju dokumentacji dotyczącej działalności gospodarczej chodzi o zabezpieczenie i przechowywanie dokumentacji firmowej przez określony odcinek czasu właściwy dla danego rodzaju dokumentacji (określony w odrębnych ustawach).

W tym momencie powstaje pewna wątpliwość – czy korekta zeznania rocznego PIT wpływa na zasady archiwizacji dokumentacji?

Przechowywanie dokumentacji firmowej

Kluczowymi podstawami prawnymi dotyczącymi archiwizacji dokumentacji związanej z działalnością gospodarczą są:

• art. 70 § 1 oraz art. 86 § 1 Ustawy z dnia 29.08.1997 roku – Ordynacja podatkowa (zwanej dalej Ordynacją podatkową),
• art. 112 oraz art. 112a Ustawy z dnia 11 marca 2004 roku o podatku od towarów i usług (zwanej dalej ustawą o VAT),
• przepisy Ustawy z dnia 29 września 1994 roku o rachunkowości (zwanej dalej ustawą o rachunkowości) – w zakresie podatników prowadzących księgi rachunkowe.

Jeżeli mowa o przechowywaniu dokumentacji firmowych typu księgi podatkowe, dowody księgowe oraz dokumenty księgowe, to nawiązując do art. 86 § 1 Ordynacji podatkowej, podatnicy zobligowani do prowadzenia ksiąg podatkowych (PKPiR, księgi rachunkowe, różnego rodzaju ewidencje i rejestry, np. VAT, środki trwałe) mają obowiązek ich przechowywania wraz z dokumentami ich dotyczącymi przez okres 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku.

Przez księgi podatkowe należy rozumieć księgi rachunkowe, podatkową księgę przychodów i rozchodów, ewidencje oraz rejestry, do których prowadzenia, do celów podatkowych, na podstawie odrębnych przepisów, obowiązani są podatnicy, płatnicy lub inkasenci, a więc poza PKPiR, księgami rachunkowymi są to także:

• ewidencje i deklaracje VAT – JPK_V7X;
• ewidencje środków trwałych;
• kilometrówka;
• raporty i paragony z kasy fiskalnej;
• ewidencje nieudokumentowanych przychodów;
• dowody księgowe, takie jak np. faktury sprzedaży i zakupu, dowody wewnętrzne, faktury korygujące, noty korygujące, noty księgowe;
• dokumenty inwentaryzacyjne (spis z natury) itd.

Po upływie (5-letniego) okresu przedawnienia podatkowego podatnik ma uprawnienie do utylizacji danej dokumentacji księgowej (wraz z dowodami źródłowymi) według ustalonej metody utylizacji. Dokonanie utylizacji dokumentacji firmowej powinno być potwierdzone sporządzonym protokołem likwidacyjnym. Protokół powinien zawierać spis dokumentów, które zostały poddane utylizacji oraz imiona i nazwiska osób wraz z ich funkcjami pełnionymi w firmie (albo dane zewnętrznej firmy), które zutylizowały dokumentację.

Ponadto w art. 112 ustawy o VAT prawodawca wskazał, że na gruncie rozliczeń podatku VAT podatnicy są zobligowani przechowywać ewidencje VAT oraz wszystkie dokumenty związane z rozliczaniem podatku VAT do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Natomiast w art. 112a ustawy o VAT dodał, że podatnicy przechowują wystawione przez siebie lub w swoim imieniu faktury, w tym faktury wystawione ponownie oraz otrzymane faktury, w tym faktury wystawione ponownie w podziale na okresy rozliczeniowe, w sposób zapewniający:

• ich łatwe odszukanie,
• autentyczność ich pochodzenia,
• integralność treści i czytelności tych faktur

– od momentu ich wystawienia lub otrzymania do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego.

Przechowywanie dokumentacji firmowej o charakterze kadrowym

Podatnicy, którzy zatrudniali pracowników, zleceniobiorców, osoby współpracujące na mocy innych umów zgodnie z art. 94 pkt 9a Ustawy z dnia 26 czerwca 1974 roku Kodeks pracy są obowiązani przechowywać w postaci papierowej lub elektronicznej dokumentację w sprawach związanych ze stosunkiem pracy m.in. listy płac, karty ewidencji czasu pracy, karty wynagrodzeń, zwolnienia lekarskie, inne dokumenty oraz akta osobowe pracowników (dokumentacja pracownicza) przez okres 10 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym stosunek pracy uległ rozwiązaniu lub wygasł, chyba że odrębne przepisy przewidują dłuższy okres przechowywania dokumentacji pracowniczej.

Dodatkowo zgodnie z art. 125a ust. 4 Ustawy z dnia 17 grudnia 1998 roku o emeryturach i rentach z Funduszu Ubezpieczeń Społecznych, który mówi, że płatnik składek jest zobowiązany przechowywać listy płac, karty wynagrodzeń albo inne dowody, na podstawie których następuje ustalenie podstawy wymiaru emerytury lub renty, przez okres 50 lat od dnia zakończenia przez ubezpieczonego pracy u danego płatnika, z zastrzeżeniem ust. 4a.

Z kolei ust. 4a mówi o tym, że płatnik składek jest zobowiązany przechowywać listy płac, karty wynagrodzeń albo inne dowody, na podstawie których następuje ustalenie podstawy wymiaru emerytury lub renty ubezpieczonego przez okres 10 lat od końca roku kalendarzowego, w którym:

1. ubezpieczony zakończył pracę u danego płatnika składek, w przypadku ubezpieczonego zgłoszonego u danego płatnika składek do ubezpieczeń po 31 grudnia 2018 roku;
2. został złożony do ZUS-u raport informacyjny.

W tym miejscu należy podkreślić, że 10-letni okres przechowywania akt osobowych obejmie pracowników zatrudnionych po 1 stycznia 2019 roku.

W sytuacji dokumentów pracowników zatrudnionych między 1 stycznia 1999 roku a 31 grudnia 2018 roku pracodawca może wybrać 10 lat (obowiązek przesłania do ZUS-u raportu informacyjnego) albo 50 lat przechowywania dokumentacji kadrowej.

Natomiast zgodnie z art. 47 ust. 3c Ustawy z dnia 13 października 1998 roku o systemie ubezpieczeń społecznych kopie deklaracji rozliczeniowych ZUS i imiennych raportów miesięcznych ZUS oraz dokumentów ZUS korygujących te dokumenty od 1 stycznia 2012 roku płatnik składek jest zobowiązany przechowywać przez okres 5 lat od dnia ich przekazania do wskazanej przez Zakład jednostki organizacyjnej Zakładu, w formie dokumentu pisemnego lub elektronicznego.

Dla ww. dokumentów ZUS przekazanych do 31 grudnia 2011 roku obowiązuje termin 10 lat ich przechowania.

Czy korekta PIT wpływa na okres przedawnienia podatkowego?

Zgodnie z art. 81 § 1 Ordynacji podatkowej, jeżeli odrębne przepisy nie stanowią inaczej, podatnicy, płatnicy i inkasenci mogą skorygować uprzednio złożoną deklarację. Skorygowanie deklaracji następuje przez złożenie korygującej deklaracji.

Jak już wyżej wspomniano, podatnik ma obowiązek przechowywać księgi podatkowe i dokumenty ich dotyczące przez okres przedawnienia zobowiązania podatkowego (5 lat).

Czy korekta PIT wpływa w jakikolwiek sposób na okres przedawnienia podatkowego?

Regulacje Ordynacji Podatkowej zawarte w art. 70 i 71 wskazują, że korekta zeznania rocznego nie znajduje się w katalogu zdarzeń powodujących zawieszenie biegu 5-letniego terminu przedawnienia podatkowego bądź jego przerwanie.

Zatem złożenie korekty zeznania rocznego PIT nie powoduje zawieszenia albo przerwania biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. Przepisy Ordynacji podatkowej nie wymieniają złożenia korekty zeznania rocznego PIT jako zdarzenia, które wpływa na bieg 5-letniego terminu przedawnienia.

Sama korekta zeznania rocznego PIT nie rozpoczyna biegu nowego terminu przedawnienia. Nie oznacza to jednak, że dokumenty można zniszczyć po upływie pierwotnie zakładanego okresu.

Jeżeli korekta została złożona w końcowym okresie przedawnienia, a następnie organ podatkowy wszczął postępowanie lub wystąpiły okoliczności zawieszające albo przerywające bieg terminu przedawnienia, dokumentacja powinna być przechowywana do ostatecznego wygaśnięcia zobowiązania podatkowego.

W praktyce oznacza to konieczność każdorazowego zweryfikowania, czy termin przedawnienia nie został wydłużony na podstawie przepisów Ordynacji podatkowej.

Jak wobec tego powyższe rozważania wpływają na kwestię przechowywania dokumentów?

Przechowywanie dokumentacji po korekcie zeznania PIT

Korekta zeznania rocznego PIT nie zmienia długości okresu przechowywania dokumentów księgowo-podatkowych.

Warto natomiast podkreślić, że najlepiej przechowywać dokumentację będącą podstawą obliczenia nie tylko zobowiązania wynikającego z podatku PIT, ale również VAT, ponieważ w wielu przypadkach korekta zeznania rocznego PIT (podatku dochodowego PIT) ma swoje źródło w zdarzeniach mających bezpośredni wpływ na rozliczenia podatku VAT.

Korekta zeznania rocznego PIT może wpłynąć na rozliczenie podatku VAT w przypadku:

• korekty kosztów po otrzymaniu faktury korygującej,
• zmiany wartości środka trwałego,
• korekty sprzedaży,
• korekty błędnie ujętych faktur.

Zakres dokumentacji zależy od przyczyny dokonanej korekty.

Najczęściej obejmuje:

• pierwotne zeznanie PIT;
• skorygowane zeznanie;
• uzasadnienie zmian (jeżeli zostało sporządzone);
• faktury;
• rachunki;
• umowy;
• dowody zapłaty;
• potwierdzenia przelewów;
• dokumentację księgową;
• ewidencje podatkowe;
• korespondencję z kontrahentami;
• interpretacje indywidualne, jeżeli stanowiły podstawę przyjętego sposobu rozliczenia;
• korespondencję z organami podatkowymi.

W przypadku korekt wynikających z kontroli podatkowej warto przechowywać również protokoły kontroli, odpowiedzi na wezwania oraz wszelkie pisma procesowe.

W tym miejscu należy podkreślić, że organy podatkowe stoją na stanowisku, że sposób przechowywania dokumentów ma znaczenie drugorzędne wobec możliwości ich skutecznego udostępnienia podczas kontroli. Nie wystarcza samo przechowywanie deklaracji. Organ podatkowy może żądać dokumentów źródłowych potwierdzających prawidłowość dokonanej korekty, nawet kilka lat po jej złożeniu.

Przykładami potwierdzającymi powyższe mogą być:

• interpretacja indywidualna wydana przez Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 18 sierpnia 2022 roku (sygn. 0111-KDIB3-3.4012.274.2022.2.MAZ),
• interpretacja indywidualna wydana przez Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 27 marca 2023 roku (sygn. 0114-KDIP1-3.4012.40.2023.2.JG).

Znaczenie dokumentacji podatkowej wielokrotnie podkreślały sądy administracyjne.

Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 8 marca 2018 roku (sygn. I FSK 769/16) wskazał, że obowiązek przechowywania dokumentów ma zapewnić możliwość zweryfikowania prawidłowości rozliczeń przez organ podatkowy przez cały okres nieprzedawnionego zobowiązania.

Przykład 1.

Przedsiębiorca skorygował zeznanie roczne PIT za 2023 rok w 2026 roku z powodu odnalezienia faktury kosztowej. Jak długo w takiej sytuacji powinny być przechowywane dokumenty związane z korektą zeznania rocznego PIT za 2023 rok? Dokumenty potwierdzające wydatek powinny być przechowywane, co najmniej do upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego (czyli za 2023 rok do końca 2029 roku), a jeżeli jego bieg zostanie zawieszony lub przerwany – odpowiednio dłużej.

Przykład 2.

Podatnik skorygował przychody po wystawieniu faktury korygującej. Zmiana wpłynęła jednocześnie na rozliczenie PIT i VAT. Jakie dokumenty powinien on przechowywać w powyższym przypadku? Oprócz korekty zeznania rocznego PIT konieczne jest przechowywanie faktury pierwotnej, faktury korygującej, potwierdzenia uzgodnienia warunków korekty oraz ewidencji i deklaracji JPK_V7X.

Przykład 3.

Podczas kontroli organ zakwestionował ulgę rehabilitacyjną. Po złożeniu korekty podatnik zachował wyłącznie poprawione zeznanie roczne PIT, usuwając dokumentację medyczną i dowody poniesionych wydatków. Czy podatnik postąpił prawidłowo? Jakie skutki może wywołać brak podstawowych dowodów dokumentacji będącej przedmiotem korekty? W przypadku dalszego postępowania brak dokumentów może uniemożliwić wykazanie zasadności wcześniejszych rozliczeń i prowadzić do określenia zobowiązania podatkowego w wyższej wysokości, tzn. metodą szacowania przychodów.

Na koniec należy przestrzec, że nieprzechowywanie dokumentów po dokonaniu korekty zeznania rocznego może prowadzić do niekorzystnych konsekwencji podatkowych. Mogą to być np.:

• zakwestionowanie kosztów uzyskania przychodów;
• utrata prawa do ulg podatkowych;
• odmowa prawa do odliczenia VAT;
• określenie zobowiązania podatkowego przez organ;
• odpowiedzialność wynikająca z przepisów Kodeksu karnego skarbowego, jeżeli brak dokumentacji wiąże się z naruszeniem obowiązków podatkowych.

Zatem po dokonaniu korekty zeznania rocznego PIT warto zachować kompletny zestaw dokumentów dotyczących zarówno pierwotnego, jak i poprawionego rozliczenia. Dokumentacja powinna być uporządkowana w sposób umożliwiający szybkie odtworzenie przebiegu zdarzeń gospodarczych. W przypadku archiwizacji elektronicznej należy zapewnić regularne kopie zapasowe oraz możliwość wydruku lub udostępnienia dokumentów organowi podatkowemu w czytelnej postaci.