W dużym skrócie przedawnienie zobowiązania podatkowego oznacza, że po upływie określonego czasu urząd skarbowy traci prawo do żądania zapłaty zaległości, a dług wygasa. Choć sytuacja ta wydaje się korzystna dla podatnika, w praktyce zagadnienie przedawnienie zobowiązania podatkowego a korekta VAT rodzi poważne ryzyka finansowe. Zamyka ono bowiem możliwość dokonywania korekt rozliczeń, co jest szczególnie dotkliwe przy zwrocie zaliczek. Organy skarbowe twardo stoją na stanowisku, że po upływie terminu przedawnienia podatnik traci prawo do korekty faktur i obniżenia podatku należnego.
Przedawnienie zobowiązania podatkowego a skutki prawne
Instytucję przedawnienia zobowiązania podatkowego znajdziemy w art. 70 § 1 Ustawy z 29 sierpnia 1997 roku – Ordynacja podatkowa (dalej: Ordynacja podatkowa). Zgodnie z tym przepisem zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku.
Skutkiem przedawnienia jest wygaśnięcie zobowiązania podatkowego z mocy prawa. W praktyce oznacza to, że po upływie określonego terminu zobowiązanie podatkowe przestaje istnieć w obrocie prawnym. Organy podatkowe nie mogą już skutecznie dochodzić zapłaty podatku, jednakże podatnik traci również możliwość podejmowania działań wpływających na wysokość tego zobowiązania – niezależnie od tego, czy miałoby to prowadzić do zwiększenia, czy do obniżenia podatku.
W orzecznictwie od lat podkreśla się materialnoprawny charakter przedawnienia, co oznacza, że instytucja ta definitywnie wygasza stosunek podatkowoprawny. Konsekwencją takiego podejścia jest przyjęcie, że po przedawnieniu nie można dokonywać czynności skutkujących ani zwiększeniem, ani zmniejszeniem zobowiązania podatkowego. Dotyczy to również korekt deklaracji oraz faktur. Sądy konsekwentnie wskazują, że przedawnienie obejmuje wszystkie elementy stosunku prawno-podatkowego związane z danym zobowiązaniem. (por. uchwała Naczelnego Sądu Administracyjnego z 29 czerwca 2009 roku, sygn. akt: I FPS 9/08).
Korekta VAT a zwrot zaliczki
Stanowisko organów skarbowych i sądów administracyjnych, o którym wspomniano wyżej, jest szczególnie problematyczne w przypadku zaliczek dokumentowanych fakturami VAT. Jak wynika z art. 19a Ustawy z 11 marca 2004 roku o podatku od towarów i usług (dalej: ustawa o VAT), otrzymanie zaliczki przed dokonaniem dostawy towaru lub wykonaniem usługi powoduje powstanie obowiązku podatkowego. Podatnik jest zobowiązany do wystawienia faktury zaliczkowej oraz rozliczenia podatku należnego już na etapie otrzymania środków.
Jeżeli następnie transakcja nie dochodzi do skutku, a zaliczka zostaje zwrócona, ustawa o VAT przewiduje możliwość obniżenia podstawy opodatkowania. Jak wynika z art. 29a ust. 10 pkt 3 ustawy o VAT, podstawę opodatkowania obniża się o zwróconą nabywcy całość lub część zapłaty otrzymanej przed dokonaniem sprzedaży, jeżeli do niej nie doszło. Dokonuje się tego poprzez wystawienie faktury korygującej.
Z kolei art. 29a ust. 13 ustawy określa moment ujęcia korekty w rozliczeniach podatkowych. Przepis mówi, iż w przypadkach, o których mowa w ust. 10 pkt 1–3, obniżenia podstawy opodatkowania, w stosunku do podstawy określonej na wystawionej fakturze z wykazanym podatkiem, dokonuje się za okres rozliczeniowy, w którym podatnik wystawił fakturę korygującą w postaci faktury ustrukturyzowanej.
Na pierwszy rzut oka mogłoby się wydawać, że skoro zwrot zaliczki następuje w danej chwili, to podatnik powinien mieć możliwość bieżącego obniżenia podatku należnego. W przypadku przedawnienia zobowiązania podatkowego fiskus i sądy prezentują jednak odmienne stanowisko.
Przedawnienie zobowiązania podatkowego a prawo do korekty faktur VAT
Organy podatkowe przyjmują obecnie jednolitą wykładnię, zgodnie z którą korekta faktury zaliczkowej odnosi się do pierwotnego zobowiązania podatkowego powstałego w chwili otrzymania zaliczki. Za przykład może służyć interpretacja Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z 25 listopada 2024 roku (sygn. 0114-KDIP1-1.4012.696.2024.1.EW).
Zgodnie z nią, jeśli zobowiązanie uległo już przedawnieniu, nie istnieje możliwość dokonania żadnej korekty, nawet jeśli zwrot środków rzeczywiście nastąpił i transakcja ostatecznie nie została zrealizowana. Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej podkreślił, iż przedawnienie ma charakter definitywny i obejmuje całość stosunku podatkowego. Skoro zobowiązanie wygasło, nie można go reaktywować w celu dokonania korzystnej dla podatnika korekty. Możliwość wystawienia faktury korygującej istnieje wyłącznie do momentu upływu terminu przedawnienia. Po jego przekroczeniu podatnik nie może już skutecznie obniżyć podatku należnego.
Zdaniem Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej przepis art. 70 § 1 Ordynacji podatkowej ma zastosowanie również do rozliczeń, w których obowiązek podatkowy w podatku od towarów i usług przekształcił się w kwotę zwrotu różnicy podatku lub nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym, która może być zadeklarowana przez podatnika do przeniesienia na następny miesiąc.
Przedawnienie zobowiązań podatkowych dotyczy zatem wszystkich zobowiązań, bez względu na sposób ich powstania. Przedawnieniu podlegają zarówno zobowiązania powstałe po doręczeniu decyzji ustalającej, jak i zobowiązania powstające z mocy prawa.
W związku z powyższym należy przyjąć, że jeżeli przedawnia się zobowiązanie podatkowe, to wraz z nim przedawnieniu ulegają także inne elementy danego stosunku prawno-podatkowego.
Takie stanowisko oznacza w praktyce, że VAT zapłacony od zaliczki może stać się definitywnym kosztem podatnika, mimo że finalnie nie doszło do zrealizowania żadnej opodatkowanej czynności.
Sądy administracyjne po stronie fiskusa
Równie restrykcyjne stanowisko prezentują sądy administracyjne. W wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 5 czerwca 2025 roku (sygn. akt: III SA/Wa 185/25) możemy przeczytać, że po upływie terminu przedawnienia nie można dokonywać korekt wpływających na wysokość zobowiązania podatkowego.
Sąd podkreślił, że instytucja przedawnienia służy zapewnieniu pewności prawa i stabilności stosunków podatkowych. Termin przedawnienia ma charakter granicy ostatecznej, której przekroczenie definitywnie zamyka możliwość ingerencji w rozliczenia podatkowe. W konsekwencji bez znaczenia pozostaje okoliczność, że zwrot zaliczki nastąpił później i że ekonomicznie transakcja nigdy nie została zrealizowana.
Zdaniem Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego przepisy dotyczące korekt VAT regulują wyłącznie techniczne zasady rozliczania korekt, natomiast nie uchylają skutków materialnoprawnych wynikających z przedawnienia zobowiązania podatkowego. W praktyce oznacza to, że nawet prawidłowo wystawiona faktura korygująca nie wywoła skutków podatkowych, jeżeli dotyczy zobowiązania, które wcześniej wygasło wskutek przedawnienia.
Przedawnienie zobowiązania podatkowego a korekta VAT – zasada neutralności VAT
Wygląda na to, że przedawnienie zobowiązania podatkowego i związana z nim zasada pewności prawa ma pierwszeństwo przed zasadą neutralności VAT. Co do zasady podatek od towarów i usług powinien obciążać konsumenta, a nie przedsiębiorcę. Jeżeli transakcja ostatecznie nie doszła do skutku – zgodnie z zasadą neutralności – podatnik nie powinien ponosić ciężaru podatku należnego od czynności, która nigdy nie została wykonana.
W omawianym wypadku reguła ta się nie sprawdzi. Zasada neutralności VAT nie ma charakteru absolutnego. W ocenie sądów administracyjnych pięcioletni termin przedawnienia jest wystarczająco długi, aby podatnik mógł odpowiednio zabezpieczyć swoje interesy. Po jego upływie potrzeba stabilizacji rozliczeń podatkowych zyskuje nadrzędne znaczenie.
Takie nadto rygorystyczne stanowisko prowadzi jednak do przesunięcia ryzyka gospodarczego na przedsiębiorców, szczególnie tych realizujących długoterminowe inwestycje. Dotyczy to przede wszystkim branży nieruchomości, budownictwa czy infrastruktury. W takich przypadkach zaliczki często pobierane są na wiele lat przed finalizacją transakcji. Jednocześnie ryzyko rozwiązania umowy, odstąpienia od inwestycji lub konieczności zwrotu środków jest duże i może dojść do tego po wielu latach (tj. po upływie terminu przedawnienia).
W efekcie podatnik może znaleźć się w sytuacji, w której:
- odprowadził VAT od otrzymanej zaliczki;
- nie zrealizował opodatkowanej transakcji;
- zwrócił kontrahentowi pełną kwotę brutto zaliczki;
- nie ma prawa do odzyskania wcześniej zapłaconego podatku VAT.
W tego typu przypadkach możemy uznać, że podatek od towarów i usług staje się definitywnym kosztem przedsiębiorcy.
