Odliczenie VAT od faktur wystawionych w KSeF

Już od dłuższego czasu funkcjonuje w polskim systemie prawnym Krajowy System e-Faktur. System KSeF administrowany i udostępniany jest przez Szefa Krajowej Administracji Skarbowej. Wraz ze wdrożeniem systemu pojawiły się liczne pytania odnośnie do tego, jak zachować się zarówno w przypadku faktur wystawianych, jak i otrzymywanych przez KSeF względem VAT. Kiedy możliwe jest odliczenie VAT od faktur wystawionych w KSeF? Sprawdźmy!

Najważniejsze zagadnienia o KSeF - webinar

KSeF, czyli Krajowy System e-Faktur

System elektroniczny KSeF administrowany jest przez Szefa Krajowej Administracji Skarbowej. Za pomocą systemu KSeF przesyłane są pomiędzy przedsiębiorcami elektroniczne faktury ustrukturyzowane. Zgodnie z art. 106nd ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług, KSeF realizuje poniższe funkcje:

1. nadaje uprawnienia oraz uwierzytelnia i obsługuje użytkowników systemu,
2. umożliwia wystawianie, wysyłanie, otrzymywanie faktur ustrukturyzowanych, faktur korygujących ustrukturyzowanych,
3. umożliwia podgląd wystawionych i odebranych faktur ustrukturyzowanych,
4. kontroluje prawidłowość danych na wystawianych fakturach,
5. archiwizuje wszystkie faktury wystawione w systemie,
6. wszystkie faktury wystawione w systemie posiadają specjalny numer identyfikacyjny,
7. wszystkie faktury są wystawiane według jednolitego, ustandaryzowanego wzoru,
8. powiadamia podatników o dacie i czasie wystawienia faktury ustrukturyzowanej albo odrzuceniu faktury.

Kto może założyć konto na KSeF?

Obecnie z systemu KSeF mogą korzystać uwierzytelnieni:

1. podatnicy lub podmioty wskazane przez podatnika,
2. organy egzekucyjne lub komornicy, lub osoby fizyczne wskazane przez te podmioty,
3. osoby fizyczne wskazane w zawiadomieniu o nadaniu lub odebraniu uprawnień do korzystania z KSeF, którym podatnik lub organy egzekucyjne, lub komornicy nadali uprawnienia do korzystania z tego systemu,
4. inne podmioty, wskazane przez osoby fizyczne korzystające KSeF, jeżeli prawo do wskazywania innego podmiotu wynika z uprawnień nadanych tym osobom fizycznym.

Wystawianie faktury ustrukturyzowanej

Podatnik, który dokona rejestracji w systemie KSeF, może wystawiać faktury ustrukturyzowane. Odbiorca faktury uzyskuje dostęp do niej poprzez uwierzytelnienie się w KSeF lub podanie określonych danych dotyczących faktury (tzw. dostęp anonimowy).

[alert-info]Do końca stycznia 2026 roku jak stanowi: Art. 106na ust. 2 ustawy o VAT: Otrzymywanie faktur ustrukturyzowanych przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur wymaga akceptacji odbiorcy faktury. Później już nie.[/alert-info]

Warto wspomnieć, że obecnie (do czasu wejścia obowiązkowego KSeF) wystawienie faktury ustrukturyzowanej i przekazanie jej odbiorcy może odbywać się dwojako:

1. odbiorca zaakceptował możliwość odbioru faktury ustrukturyzowanej poprzez KSeF – sprzedawca wysyła do niego fakturę ustrukturyzowaną poprzez KSeF,
2. odbiorca nie zaakceptował możliwości odbioru faktury ustrukturyzowanej poprzez KSeF – sprzedawca pobiera fakturę ustrukturyzowaną przez KSeF i wysyła ją do niego w innej uzgodnionej wcześniej formie - pocztą elektroniczną lub w formie papierowej pocztą tradycyjną.

Brak akceptacji odbioru faktury ustrukturyzowanej poprzez KSeF

Niezwykle ważną kwestią jest to, że nawet gdy odbiorca nie wyrazi zgody na otrzymywanie faktury poprzez KSeF, ale jest on zarejestrowany w KSeF, to może ją odnaleźć na podstawie poniższych danych:

• numeru identyfikującego daną fakturę w KSeF,
• numeru faktury,
• NIP-u odbiorcy lub sprzedawcy, 
• imienia i nazwiska lub nazwy nabywcy towarów lub usług albo informacji o braku tych danych,
• kwoty należności ogółem.

Odliczenie VAT od faktur wystawionych w KSeF

Ogólna zasada mówi, że czynnemu podatnikowi VAT przysługuje prawo do odliczenia podatku VAT (w części lub w całości) z faktury dokumentującej zakupiony towar lub usługę, jeżeli te nabyte towary lub usługi:

1. będą przeznaczone na sprzedaż opodatkowaną VAT w części lub w całości,
2. nie będą przeznaczone wyłącznie na sprzedaż zwolnioną z VAT,
3. nie będą przeznaczone na użytek prywatny.

Co ciekawe, zgodnie z tym, co mówi art. 106na ust. 3 ustawy o VAT, faktura ustrukturyzowana jest uznana za otrzymaną przy użyciu KSeF w dniu przydzielenia w tym systemie numeru identyfikującego tę fakturę.

Moment przydzielenia numeru identyfikującego fakturę wystawioną w systemie KSeF będzie jednocześnie momentem otrzymania faktury ustrukturyzowanej przez odbiorcę (przy założeniu, że wyraził zgodę na otrzymywanie tych faktur w systemie KSeF). Tak więc w tym momencie – w rozliczeniu za ten miesiąc podatnik – nabywca będzie mieć prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego z faktury ustrukturyzowanej.

Jeżeli nabywca nie wyraził zgody na otrzymywanie faktur ustrukturyzowanych z KSeF i np. pobrał jedynie fakturę albo otrzymał ją mailem od sprzedawcy, wówczas realizacja prawa do odliczenia VAT powstanie na zasadach ogólnych.

Faktura ustrukturyzowana korygująca

Zgodnie z art. 106j ust. 4 ustawy o VAT, jeżeli sprzedawca wystawił fakturę ustrukturyzowaną w systemie KSeF i jeżeli ma obowiązek wystawić fakturę korygującą, to również ona musi być wystawiona jako ustrukturyzowana w KSeF.

Przykład

Sprzedawca wystawił 1 marca 2025 roku fakturę ustrukturyzowaną poprzez system KSeF dokumentującą sprzedaż akcesoriów samochodowych nabywcy – podatnikowi VAT. Po 2 tygodniach i wspólnych uzgodnieniach sprzedawca zgodził się udzielić rabat nabywcy. Czy faktura korygująca powinna być wystawiona w KSeF?

W takim wypadku sprzedawca miał obowiązek wystawić fakturę korygującą ustrukturyzowaną w systemie KSeF. Z kolei nabywca ujął fakturę korygującą ustrukturyzowaną w rozliczeniu za okres, w którym ją otrzymał w systemie KSeF.

Faktury korygujące ustrukturyzowane wystawione w systemie KSeF rozliczane są względem VAT w dacie wystawienia takiej faktury. 

Odliczenie VAT od faktur wystawionych w KSeF w przypadku korekt in minus

Na mocy art. 86 ust. 19d ustawy o VAT nabywca towaru lub usługi ujmuje w JPK_V7 fakturę korygującą in minus, otrzymaną w systemie KSeF w rozliczeniu za okres, w którym otrzymał przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur fakturę korygującą w postaci faktury ustrukturyzowanej.

Zmiany od  1 lutego 2026

Od 01.02.2026 nastąpi istotna zmiana w zakresie otrzymywania faktur ustrukturyzowanych wystawionych przez KSeF. Od tego momentu Krajowy System e-Faktur będzie obowiązkowy dla dużych podmiotów, którzy w roku 2024 przekroczyli 200 mln złotych obrotu. Oznacza to, że każdy przedsiębiorca będzie zobligowany do pobierania faktur, które zostały wystawione przez sprzedawcę w KSeF.

Pytania i odpowiedzi w zakresie KSeF - wywiad w Ministerstwie Finansów

Jak zaimportować faktury zakupowe w KSeF w systemie wFirma.pl?

Import faktur kosztowych z KSeF w systemie wFirma.pl nie wymaga skomplikowanych czynności po stronie przedsiębiorcy. Aby włączyć integrację z KSeF z wFirma, należy w pierwszej kolejności przejść do zakładki: USTAWIENIA » FAKTURY » E-FAKTURY i wybrać opcję WŁĄCZ INTEGRACJĘ oraz jednorazowo dokonać integracji z platformą KSeF.

W systemie wFirma.pl aby pobrać dokumenty kosztowe, należy przejść do zakładki: WYDATKI » KSIĘGOWANIE » WERSJE ROBOCZE i z górnego menu wybrać opcję IMPORTUJ Z KSeF. Następnie  należy wskazać datę, od której zostaną pobrane faktury.

Po użyciu POBIERZ zostanie wyświetlone okno z listą dokumentów. Faktury zostaną zaimportowane w KSeF w formie wersji roboczych, które należy zaakceptować wskazując odpowiedni rodzaj wydatku.

W systemie wFirma.pl użytkownik ma również możliwość włączyć automatyczny import wydatków z KSeF.  Włączenie tej  funkcji sprawi, że faktury kosztowe z KSeF będą pobierane automatycznie raz dziennie w godzinach nocnych bez ingerencji użytkownika. W tym celu należy przejść do zakładki: USTAWIENIA » FAKTURY » E-FAKTURY » KRAJOWY SYSTEM E-FAKTUR » KONFIGURACJA gdzie należy zaznaczyć opcję AUTOMATYCZNY IMPORT WYDATKÓW.