Czy noty obciążeniowe w KSeF są obowiązkowe od 2026 roku?

Obowiązkowy Krajowy System e-Faktur, który od 1 lutego 2026 roku objął największych przedsiębiorców, a od 1 kwietnia 2026 roku – pozostałych, wciąż budzi wiele pytań. Jedna z kluczowych wątpliwości dotyczy relacji nota księgowa a KSeF – czy noty obciążeniowe również trzeba wystawiać w KSeF. W praktyce gospodarczej, oprócz faktur, funkcjonuje bowiem szereg innych dokumentów, których status w nowym systemie wymaga wyjaśnienia. 

Faktura a nota obciążeniowa

W myśl art. 106b ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT podatnik jest obowiązany wystawić fakturę dokumentującą sprzedaż, a także dostawę towarów i świadczenie usług, o których mowa w art. 106a pkt 2, dokonywane przez niego na rzecz innego podatnika podatku, podatku od wartości dodanej lub podatku o podobnym charakterze lub na rzecz osoby prawnej niebędącej podatnikiem.

Zgodnie z art. 2 pkt 22 ustawy o VAT, ilekroć w dalszych przepisach jest mowa o sprzedaży – rozumie się przez to odpłatną dostawę towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju, eksport towarów oraz wewnątrzwspólnotową dostawę towarów.

W świetle przepisów dotyczących podatku od towarów i usług faktury są dokumentami potwierdzającymi rzeczywiste transakcje gospodarcze dokonywane przez podatnika. Wystawienie faktury należy rozumieć jako sporządzenie tego dokumentu i wprowadzenie go do obrotu prawnego. W przypadku faktury ustrukturyzowanej następuje to z chwilą jej przesłania do Krajowego Systemu e-Faktur (art. 106na ust. 1 ustawy o VAT). 

Zgodnie z art. 2 pkt 31 ustawy o VAT faktura to dokument w formie papierowej lub w formie elektronicznej zawierający dane wymagane ustawą i przepisami wydanymi na jej podstawie. Zgodnie z art. 2 pkt 32 ustawy faktura elektroniczna oznacza fakturę w formie elektronicznej wystawioną i otrzymaną w dowolnym formacie elektronicznym. Natomiast jak stanowi art. 2 pkt 32a ustawy, mówiąc o fakturze ustrukturyzowanej, rozumie się przez to fakturę wystawioną przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur wraz z przydzielonym numerem identyfikującym tę fakturę w tym systemie.

Faktura dokumentuje czynności podlegające opodatkowaniu podatkiem VAT. W relacjach pomiędzy kontrahentami dochodzi do różnych zdarzeń i nie wszystkie podlegają pod reżim ustawy o VAT. Przykładem w tym zakresie może być okoliczność zapłaty kary umownej. 

Przy określeniu, czy miała miejsce czynność podlegająca opodatkowaniu, istotne jest określenie, czy wykonano świadczenie i czy wynagrodzenie z tytułu wykonania tego świadczenia miało być wypłacone. Muszą być przy tym spełnione następujące warunki:

• w następstwie zobowiązania, w którego wykonaniu usługa jest świadczona, druga strona (nabywca) jest bezpośrednim beneficjentem świadczenia;
• świadczonej usłudze odpowiada świadczenie wzajemne ze strony nabywcy (wynagrodzenie).

Jak wskazał Dyrektor KIS w interpretacji z 26 września 2019 roku (nr 0114-KDIP1-1.4012.418.2019.1.KBR), jeżeli płatności o charakterze odszkodowawczym nie będą miały bezpośredniego związku z żadną czynnością mającą charakter świadczenia ze strony podmiotu zobowiązanego, wówczas kwota otrzymanych płatności nie będzie mieściła się w katalogu czynności wymienionych w art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT i jako taka nie będzie podlegała opodatkowaniu tym podatkiem. W rezultacie otrzymane kwoty pieniężne określane jako kary umowne nie stanowią podstawy do wystawienia z tego tytułu faktur na podstawie art. 106b ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT. Podatnik będzie uprawniony do udokumentowania otrzymanych kwot za pomocą innego dokumentu księgowego, np. noty obciążeniowej.

W konsekwencji dokumenty potwierdzające np. kary umowne, opłaty za niezwrócone palety czy odszkodowania nie są fakturami VAT, ponieważ nie dokumentują odpłatnej dostawy towarów ani odpłatnego świadczenia usług. Wystawia się je poza systemem fakturowania, jako noty księgowe (noty obciążeniowe).

Czy noty obciążeniowe w KSeF są obowiązkowe od 2026 roku?

Przechodząc na grunt przepisów stanowiących o obowiązkowym stosowaniu KSeF, wskażmy, że stosownie do art. 106ga ust. 1 ustawy o VAT, w brzmieniu obowiązującym od 1 lutego 2026 roku, podatnicy są obowiązani wystawiać faktury ustrukturyzowane przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur. Obowiązek ten objął od 1 lutego 2026 roku przedsiębiorców, których wartość sprzedaży (wraz z kwotą podatku) przekroczyła w 2024 roku 200 mln zł, a od 1 kwietnia 2026 roku – pozostałych przedsiębiorców. Wyjątek przewidziano do końca 2026 roku dla podatników, u których łączna wartość sprzedaży (wraz z kwotą podatku) dokumentowanej fakturami w danym miesiącu nie przekracza 10 000 zł. Tylko w takim przypadku mogą oni wystawiać faktury elektroniczne lub papierowe poza KSeF. 

Zgodnie z art. 106ga ust. 2 ustawy, w brzmieniu obowiązującym od 1 lutego 2026 roku, obowiązek, o którym mowa w ust. 1, nie dotyczy wystawiania faktur:

1. przez podatnika nieposiadającego siedziby działalności gospodarczej ani stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium kraju;
2. przez podatnika nieposiadającego siedziby działalności gospodarczej na terytorium kraju, który posiada stałe miejsce prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium kraju, przy czym to stałe miejsce prowadzenia działalności nie uczestniczy w dostawie towarów lub świadczeniu usług, dla których wystawiono fakturę;
3. przez podatnika korzystającego z procedur szczególnych, o których mowa w dziale XII w rozdziałach 7, 7a i 9, dokumentujących czynności rozliczane w tych procedurach;
4. na rzecz nabywcy towarów lub usług będącego osobą fizyczną nieprowadzącą działalności gospodarczej;
5. w przypadku odpowiednio udokumentowanych dostaw towarów lub świadczenia usług, określonych w przepisach wydanych na podstawie art. 106s;
6. przez podatnika korzystającego ze zwolnienia, o którym mowa w art. 113a ust. 1.

Na podstawie art. 106ga ust. 3 ustawy, w brzmieniu obowiązującym od 1 lutego 2026 roku, w przypadku, o którym mowa w ust. 2, wystawia się faktury elektroniczne lub faktury w postaci papierowej.

Według art. 106na ust. 1 ustawy fakturę ustrukturyzowaną uznaje się za wystawioną w dniu jej przesłania do Krajowego Systemu e-Faktur. Jak stanowi art. 106na ust. 3 ustawy, faktura ustrukturyzowana jest uznana za otrzymaną przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur w dniu przydzielenia w tym systemie numeru identyfikującego tę fakturę.

Przy analizie tematu nota księgowa a KSeF kluczowe znaczenie ma stanowisko organów podatkowych. Jak wskazał Dyrektor KIS w interpretacji z 29 maja 2025 roku (nr 0114-KDIP1-3.4012.383.2025.1.AMA), noty księgowe stanowią dowody księgowe na podstawie ustawy o rachunkowości, a nie przepisów dotyczących podatku VAT. Ustawa o podatku od towarów i usług oraz przepisy wykonawcze wydane na podstawie jej upoważnienia w żadnym zakresie nie regulują kwestii wystawiania not księgowych. Jednocześnie przepisy krajowe nie określają dokumentu, na podstawie którego podatnik powinien udokumentować kwoty niestanowiące podstawy opodatkowania podatkiem od towarów i usług w myśl art. 29a ust. 1 ustawy. Nie jest tym dokumentem faktura, jednak nic nie wskazuje, że nie może nim być np. nota księgowa (obciążeniowa/uznaniowa).

Dyrektor KIS przyjął przy tym za wnioskodawcą, że kary umowne, opłaty za niezwrócone palety oraz odszkodowania – również w stanie prawnym obowiązującym od 1 lutego 2026 roku – nie mieszczą się w katalogu czynności wymienionych w art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy i jako takie nie podlegają opodatkowaniu tym podatkiem.

W rezultacie obowiązek wynikający z art. 106ga ust. 1 ustawy nie wymaga wystawiania przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF) dokumentów innych niż faktury w rozumieniu art. 2 pkt 31 ustawy. W sytuacji dokumentowania wyłącznie czynności niepodlegającej ustawie o VAT – nie wystawia się faktury. Dodatkowo z przepisów dotyczących KSeF, obowiązujących od 1 lutego 2026 roku, nie wynika, aby przy użyciu KSeF wystawiane musiały być noty księgowe typu noty obciążeniowe.

Krajowy System e-Faktur służy do wystawiania oraz odbierania faktur ustrukturyzowanych. Skoro zatem w pojęciu faktur ustrukturyzowanych nie mieszczą się noty obciążeniowe, to ich wystawienie poprzez KSeF nie jest możliwe.