Sprawy w postępowaniu podatkowym powinny być załatwianie przy poszanowaniu ogólnych zasad: praworządności, prowadzenia postępowania w sposób budzący zaufanie do organu podatkowego, zapewnienia stronie czynnego udziału w każdym stadium postępowania, podejmowania niezbędnych działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego prowadzonej sprawy oraz terminowości.
Postępowanie jest wszczynane na żądanie strony albo z urzędu. W wypadku rozpoczęcia postępowania z urzędu niezbędne jest wydanie przez organ podatkowy postanowienia. Zaś załatwianie sprawy następuje, co do zasady, w formie decyzji.
Na podstawie art. 139 Ordynacji podatkowej załatwienie sprawy, która wymaga przeprowadzenia postępowania dowodowego, powinno nastąpić bez zbędnej zwłoki, jednakże nie później niż w ciągu miesiąca, a sprawy szczególnie skomplikowanej - nie później niż w ciągu dwóch miesięcy od dnia wszczęcia postępowania, chyba że przepisy ordynacji podatkowej stanowią inaczej.
Postępowanie podatkowe jest wszczynane na żądanie podatnika lub z urzędu (w formie postanowienia). Za datę wszczęcia postępowania, na żądanie podatnika, uznaje się dzień doręczenia żądania organowi podatkowemu. Jednakże gdy żądanie zostanie wniesione przez osobę niebędącą stroną lub z jakichkolwiek innych przyczyn postępowanie nie może być wszczęte, organ podatkowy wówczas wyda postanowienie o odmowie wszczęcia postępowania, na które służy podatnikowi zażalenie.
Z kolei za datę wszczęcia postępowania na żądanie strony, które zostało wniesione za pomocą środków komunikacji elektronicznej jest dzień wprowadzenia żądania do systemu teleinformatycznego danego organu podatkowego.
Wreszcie, gdy postępowanie jest wszczęte z urzędu, za dzień wszczęcia uznaje się dzień doręczenia stronie powiadomienia o wszczęciu tego postępowania (z pewnymi wyjątkami).
Przykład 1.
Postępowanie podatkowe zostało wszczęte postanowieniem z dnia 11 marca 2013 r. Postanowienie skutecznie doręczono 13 marca 2013 r. Decyzja powinna zostać wydana w ciągu miesiąca licząc od dnia doręczenia czyli do 13 kwietnia 2013 r. Ponieważ dzień 13 kwietnia 2013 r. przypada w sobotę to termin przesuwa się na pierwszy dzień roboczy czyli 15 kwietnia 2013 r.
Generalną zasadą jest, że sprawy powinny być załatwiane niezwłocznie jeśli mogą być rozpatrzone na podstawie dowodów przedstawianych przez stronę, łącznie z żądaniem wszczęcia postępowania lub na podstawie faktów powszechnie znanych i dowodów znanych z urzędu organowi prowadzącemu postępowanie.
Załatwienie sprawy w postępowaniu odwoławczym powinno nastąpić nie później niż w ciągu dwóch miesięcy od dnia otrzymania odwołania przez organ odwoławczy, a sprawy, w której przeprowadzono rozprawę lub strona złożyła wniosek o przeprowadzenie rozprawy, nie później niż w ciągu trzech miesięcy.
Przykład 2.
Podatnik wniósł bezpośrednio do urzędu odwołanie dnia 3 lipca 2013. Organ skarbowy ma czas załatwienie sprawy do 3 września 2013 r. Jeżeli podatnik zamieścił w odwołaniu wniosek o przeprowadzenie rozprawy, termin załatwienia sprawy ulega wydłużeniu do dnia 3 października 2013 r. niezależnie od tego czy rozprawa miała miejsce czy też nie.
Do terminów załatwiania sprawy nie wlicza się terminów przewidzianych w przepisach prawa podatkowego dla dokonania określonych czynności, okresów zawieszenia postępowania oraz okresów opóźnień spowodowanych z winy strony albo z przyczyn niezależnych od organu. Należy mieć na uwadze, że terminy te nie mają zastosowania w wypadku kontroli podatkowej, do której mają zastosowanie odrębne regulacje w tym przedmiocie.
Przykład 3.
Pełnomocnik wnosząc dnia 2 lipca 2013 r. podpisany wniosek przez podatnika nie załączył udzielonego pełnomocnictwa. Zasadniczo organ ma miesiąc na rozpatrzenie wniosku tj. do 2 sierpnia 2013 r. Dnia 4 lipca 2013 r. stronę wezwano do uzupełnienia wniosku o pełnomocnictwo. Uzupełnienie braków formalnych nastąpiło 8 lipca 2013 r. Zatem termin na załatwienie sprawy z dnia 2 sierpnia 2013 r. przedłużył się o 4 dni - czyli do 6 sierpnia 2013 r.
Termin instrukcyjny
Dokonując analizy biegu terminów na podstawie Ordynacji podatkowej, należy mieć na uwadze to, że terminy te mają charakter instrukcyjny dla organów podatkowych. Oznacza to, że organ po przekroczeniu terminu do załatwienia sprawy nie traci prawa do rozpatrzenia sprawy oraz wydania decyzji. Zatem nie wpływa to na wadliwość decyzji.
W myśl art. 140 Ordynacji podatkowej, o każdym przypadku nie załatwienia sprawy we właściwym terminie organ podatkowy obowiązany jest zawiadomić stronę, podając przyczyny niedotrzymania terminu i wskazując nowy termin załatwienia sprawy. Ponadto ten sam obowiązek ciąży na organie podatkowym również w przypadku, gdy niedotrzymanie terminu nastąpiło z przyczyn niezależnych od organu.
W przypadku niezałatwienia sprawy we właściwym lub dodatkowym terminie (art. 140) podatnik nie jest bezbronny. Bowiem służy mu ponaglenie. Co do zasady ponaglenie wnosi się do organu podatkowego wyższego stopnia, a jeżeli sprawa nie została załatwiona przez izbę skarbową lub izbę celną, do ministra właściwego do spraw finansów publicznych.
Organ podatkowy, wymieniony powyżej, który uzna ponaglenie za uzasadnione, wyznacza dodatkowy termin załatwienia sprawy oraz zarządza wyjaśnienie przyczyn i ustalenie osób winnych niezałatwienia sprawy w terminie, a w razie potrzeby podejmuje środki zapobiegające naruszaniu terminów załatwiania spraw w przyszłości. Jednocześnie organ stwierdza, czy niezałatwienie sprawy w terminie miało miejsce z rażącym naruszeniem prawa.