Faktura pro forma jest wystawiana przez dostawcę i w większości przypadków ma na celu poinformowanie odbiorcy o przewidywanej wartości mającej się dokonać transakcji, a także określa szczegółowo rodzaj, ilość oraz cenę jednostkową poszczególnych towarów, a także kwotę naliczonego VAT. Faktura pro forma nie jest dokumentem, na podstawie którego podatnicy mogą dokonywać rozliczeń z tytułu podatku VAT.
W przypadku wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów faktura pro forma nie stanowi potwierdzenia otrzymania przez kontrahenta zagranicznego zaliczki, ale jedynie pewne wezwanie do jej zapłaty. Natomiast faktura wystawiona przez zagranicznego kontrahenta w momencie otrzymania przez niego zaliczki, przesłana następnie do podatnika polskiego, powoduje u niego powstanie obowiązku podatkowego oraz konieczność wystawienia faktury wewnętrznej. Faktura pro forma wystawiona przez podatnika z Unii, określająca kwotę zaliczki i datę jej zapłaty, nie stanowi potwierdzenia otrzymania tej zaliczki.
W wewnątrzwspólnotowym nabyciu towarów obowiązek podatkowy powstaje 15. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym dokonano dostawy towaru będącego przedmiotem wewnątrzwspólnotowego nabycia.
W przypadku gdy przed tym terminem powstania obowiązku podatkowego podatnik podatku od wartości dodanej wystawi fakturę, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą jej wystawienia.
Podstawą opodatkowania przy wewnątrzwspólnotowym nabyciu towarów stanowi kwota, jaką nabywający jest zobowiązany zapłacić. W przypadku wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów wystawiane są przez nabywcę faktury wewnętrzne. Za dany okres rozliczeniowy podatnik może wystawić jedną fakturę dokumentującą czynności dokonane w tym okresie.
Kwotę podatku naliczonego stanowi kwota podatku należnego z tytułu wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów, a prawo do obniżenia kwoty podatku należnego powstaje w rozliczeniu za okres, w którym powstał obowiązek podatkowy w podatku należnym u nabywcy od wewnątrzwspólnotowego nabycia towarów. Jeżeli podatnik nie dokona obniżenia kwoty podatku należnego w terminach określonych w art. 86 ust. 10 ustawy o VAT, może obniżyć kwotę podatku należnego w deklaracji podatkowej VAT za następny okres rozliczeniowy.