KSeF a rachunek w rozumieniu Ordynacji podatkowej – co wybrać?

Wprowadzenie obowiązkowegoKrajowego Systemu e-Faktur budzi wiele pytań wśród przedsiębiorców. Wiele osób zastanawia się, czy w obliczu nowych przepisów nadal dopuszczalny jest KSeF a rachunek w rozumieniu Ordynacji podatkowej, czy też każda transakcja musi być dokumentowana fakturą ustrukturyzowaną. Poniższa analiza szczegółowo wyjaśnia te wątpliwości prawne.

KSeF a rachunek - faktura VAT czy rachunek z Ordynacji?

Na podstawie art. 106b ust. 1 pkt 1 ustawy o VAT podatnik jest obowiązany wystawić fakturę dokumentującą sprzedaż, a także dostawę towarów i świadczenie usług, o których mowa w art. 106a pkt 2, dokonywane przez niego na rzecz innego podatnika podatku, podatku od wartości dodanej lub podatku o podobnym charakterze lub na rzecz osoby prawnej niebędącej podatnikiem.

Zgodnie z art. 106ga ust. 1 ustawy, w brzmieniu obowiązującym od 1 lutego 2026 roku, podatnicy są obowiązani wystawiać faktury ustrukturyzowane przy użyciu Krajowego Systemu e-Faktur.

W myśl art. 106b ust. 2 ustawy o VAT podatnik nie jest obowiązany do wystawienia faktury w odniesieniu do sprzedaży zwolnionej od podatku na podstawie art. 43 ust. 1, art. 113 ust. 1 i 9 lub przepisów wydanych na podstawie art. 82 ust. 3.

Natomiast na mocy art. 106b ust. 3 pkt 2 ustawy podatnik ma obowiązek wystawienia faktury dokumentującej sprzedaż zwolnioną, o której mowa w ust. 2, z zastrzeżeniem art. 117 pkt 1 i art. 118 – jeżeli żądanie jej wystawienia zostało zgłoszone w terminie 3 miesięcy, licząc od końca miesiąca, w którym dostarczono towar lub wykonano usługę bądź otrzymano całość lub część zapłaty.

Jak wynika z przywołanych wyżej przepisów, co do zasady podatnik VAT jest zobowiązany wystawiać fakturę dokumentującą sprzedaż towarów i usług na rzecz innego podatnika. Ustawodawca nie nakłada na podatników obowiązku wystawiania faktur dokumentujących sprzedaż zwolnioną od podatku na podstawie przepisów ustawy lub rozporządzeń wykonawczych do niej oraz sprzedaż realizowaną na rzecz podmiotów niebędących podatnikami VAT.

Natomiast zgodnie z art. 87 § 1 Ordynacji podatkowej, jeżeli z odrębnych przepisów nie wynika obowiązek wystawienia faktury, podatnicy prowadzący działalność gospodarczą są obowiązani, na żądanie kupującego lub usługobiorcy, wystawić rachunek potwierdzający dokonanie sprzedaży lub wykonanie usługi.

Podatnicy wymienieni w § 1, od których zażądano rachunku przed wykonaniem usługi lub wydaniem towaru, wystawiają rachunek nie później niż w terminie 7 dni od dnia wykonania usługi lub wydania towaru. Jeżeli jednak żądanie wystawienia rachunku zostało zgłoszone po wykonaniu usługi lub wydaniu towaru, wystawienie rachunku następuje w terminie 7 dni od dnia zgłoszenia żądania.

Ponadto podatnik nie ma obowiązku wystawienia rachunku, jeżeli żądanie zostało zgłoszone po upływie 3 miesięcy od dnia wydania towaru lub wykonania usługi.

Czy podatnik zwolniony z VAT musi wystawić fakturę w KSeF?

Biorąc powyższe pod uwagę, należy stwierdzić, że faktura VAT i rachunek są różnymi dokumentami, o czym świadczy choćby fakt ich uregulowania w różnych aktach prawnych. Zbieg obowiązków przedsiębiorcy do wystawienia faktury i rachunku będzie mieć zawsze charakter pozorny.

Zawsze bowiem na gruncie podatku VAT pierwszeństwo ma obowiązek wystawienia faktury.

Na gruncie ustawy o VAT do wystawienia faktury zobowiązuje podatnika art. 106b ustawy o VAT, który znajduje się w Dziale XI. Dokumentacja – Rozdział 1. Faktury.

Dokumentowanie wskazanych w tych przepisach czynności stanowi konsekwencję innych przepisów ustawy o VAT, które wskazują, jakie czynności podlegają opodatkowaniu (art. 5 ustawy o VAT). Natomiast zasady dokumentowania czynności podlegających opodatkowaniu regulują przepisy art. 106a-106q ustawy o VAT.

Należy zauważyć, że podmiotami zobowiązanymi do fakturowania są podatnicy, którzy wykonują działalność gospodarczą w rozumieniu ustawy o VAT.

W ustawie o VAT przewidziano pewne wyjątki, gdy podatnik nie ma obowiązku wystawienia faktury. Dotyczy to dokumentowania sprzedaży zwolnionej od podatku na podstawie art. 43 ust. 1, art. 113 ust. 1 i 9, art. 113a ust. 1 ustawy o VAT lub wydanych do ustawy przepisów wykonawczych. W takim przypadku tzw. podatnik zwolniony nie musi wystawić faktury, chyba że nabywca tego zażąda.

Wystawienie faktury na żądanie nabywcy jest wymagane, jeżeli żądanie to zostało zgłoszone w terminie 3 miesięcy, licząc od końca miesiąca, w którym dostarczono towar lub wykonano usługę. A contrario, jeżeli żądanie zostało zgłoszone po terminie, wtedy podatnik nie ma obowiązku wystawienia faktury. W takim przypadku, na podstawie ustawy o VAT, nie ma obowiązku udokumentowania takiej transakcji.

Podatnicy podatku VAT, także zwolnieni, podlegają pod zasady ustawy o VAT, skoro więc ustawa o VAT określa sposób dokumentowania czynności fakturą, to podatnik zwolniony wystawia w takim przypadku ten dokument, który będzie zasadniczo podlegał wystawieniu przy użyciu KSeF.

Dodatkowo na żądanie odbiorcy podatnicy sporządzają rachunek potwierdzający wykonanie usługi.

Z treści art. 106ga ust. 1 ustawy o VAT (obowiązującego od 1 lutego 2026 roku) wynika, że podatnicy są obowiązani wystawiać faktury ustrukturyzowane przy użyciu KSeF.

Jednocześnie w ust. 2 art. 106ga ustawy o VAT wskazano na przypadki, których nie dotyczy obowiązek wystawienia faktur za pośrednictwem KSeF. Zgodnie z tym przepisem obowiązek, o którym mowa w ust. 1, nie dotyczy wystawiania faktur:

1. przez podatnika niemającego siedziby działalności gospodarczej ani stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium kraju;
2. przez podatnika niemającego siedziby działalności gospodarczej na terytorium kraju, który ma stałe miejsce prowadzenia działalności gospodarczej na terytorium kraju, przy czym to stałe miejsce prowadzenia działalności nie uczestniczy w dostawie towarów lub świadczeniu usług, dla których wystawiono fakturę;
3. przez podatnika korzystającego z procedur szczególnych, o których mowa w dziale XII w rozdziałach 7, 7a i 9, dokumentujących czynności rozliczane w tych procedurach;
4. na rzecz nabywcy towarów lub usług będącego osobą fizyczną nieprowadzącą działalności gospodarczej;
5. w przypadku odpowiednio udokumentowanych dostaw towarów lub świadczenia usług, określonych w przepisach wydanych na podstawie art. 106s;
6. przez podatnika korzystającego ze zwolnienia, o którym mowa w art. 113a ust. 1.

Wśród tych przypadków nie została wymieniona sprzedaż dokonywana przez podatników korzystających ze zwolnienia podmiotowego na podstawie art. 113 ustawy o VAT jako wyłączona z obowiązku wystawiania faktur ustrukturyzowanych.

Jak wskazał Szef KAS w piśmie z 5 marca 2026 roku, nr DOP7.8101.6.2026.HEMD (stwierdzającym nieprawidłowości interpretacji indywidualnej z 27 października 2025 roku, nr 0112-KDIL1-3.4012.657.2025.2.MR):

Przykład 1.

Pani Ewa prowadzi działalność gospodarczą jako podatnik zwolniony podmiotowo od VAT w zakresie świadczonych usług. Nabywca usługi będący przedsiębiorcą z Polski wystąpił z żądaniem wystawienia dokumentu potwierdzającego wykonanie usługi. Jaki dokument powinna wystawić pani Ewa?

Co do zasady podatnicy zwolnieni od VAT nie mają obowiązku wystawiania faktur (art. 106b ust. 2 ustawy o VAT). W ocenie fiskusa, jeżeli jednak podatnik podatku VAT jest zobowiązany do udokumentowania wykonanej czynności, to powinien wystawić fakturę, a nie rachunek w rozumieniu Ordynacji podatkowej. W konsekwencji pani Ewa nie może wystawić rachunku w wersji papierowej, lecz powinna wystawić e-fakturę poprzez KSeF.

Reasumując, należy wskazać, że jeżeli podatnik wystawi dokument potwierdzający sprzedaż, to dokumentem tym powinna być zawsze faktura, gdyż stanowi udokumentowanie czynności podlegającej opodatkowaniu VAT. Rachunek nie stanowi ekwiwalentu faktury, a jego wystawienie nie zwalnia z obowiązku wystawienia faktury VAT.