Prowadzenie komisu jest specyficznym rodzajem działalności również ze względów podatkowych. Nie występuje tu zakup towaru jak w przypadku większości działalności handlowych. Prowadzącemu komis są jedynie powierzane rzeczy w celu ich sprzedaży. On jednak ich nie zakupuje. Przez cały czas, aż do momentu sprzedaży pozostają własnością osoby, która ma do nich pełne prawa i zdecydowała się oddać je w komis.
Faktura VAT marża
Czynni podatnicy VAT prowadzący komis dokumentują sprzedaż towarów zwykle fakturą VAT marża. Rozliczenie Faktury VAT marża w przypadku sprzedaży komisowej wygląda nieco inaczej niż przy zwykłej sprzedaży towarów używanych. Ma to związek z tym, że osoba prowadząca komis nie ponosi kosztu związanego z zakupem używanego towaru bowiem otrzymuje go nieodpłatnie i ma prawo jedynie rozporządzać tą rzeczą w celu jej sprzedaży. Nie staje się natomiast jej właścicielem. W związku z tym zdarzenie to nie trafi do KPiR.
Dokonanie sprzedaży
Dopiero gdy osoba prowadząca komis dokonuje sprzedaży tego towaru wystawia fakturę VAT marża w terminie jaki określają zasady ogólne (do 7 dni od daty dokonania sprzedaży). Ze względu na charakter faktury VAT marża widnieje na niej jedynie wartość brutto sprzedaży. Kwota ta jednak w całości nie powinna trafić do KPiR (kolumna 7- sprzedaż towarów i usług) tak jak to ma miejsce przy zwykłej sprzedaży. Ponieważ przychodem ze sprzedaży komisowej jest jedynie uzyskana prowizja pomniejszona o VAT należny (a nie kwota netto uzyskana ze sprzedaży towaru). Do księgi, jako przychód ze sprzedaży, powinna trafić zatem jedynie kwota marży netto. Podatek VAT naliczony od wartości marży - prowizji powinien zostać wykazany w rejestrze sprzedaży VAT. Aby nie pogubić się w kwotach przy sprzedaży komisowej należałoby prowadzić dodatkową ewidencję lub wykorzystać ewidencję prowadzoną dla potrzeb VAT w celu rozliczenia komisu i prawidłowego ustalenia podstawy opodatkowania podatkiem VAT oraz rozliczenia dochodu właściciela komisu. Jest to konieczne bowiem na fakturze VAT marża nie wyróżnia się ani kwot netto wartości marży, ani podatku VAT należnego od takiego rodzaju sprzedaży.
Deklaracja VAT a faktura VAT marża
Deklaracja okresowa VAT nie zawiera odrębnych rubryk dla deklarowania sprzedaży opodatkowanej w systemie marży. W związku z tym sprzedaż tę należy wykazać w rubrykach przeznaczonych do ujmowania sprzedaży krajowej. Należy jednak pamiętać, że w przypadku komisu, gdy do sprzedaży zastosowano opodatkowanie jedynie marży, w deklaracji VAT w pozycji gdzie wykazana jest dostawa towarów i świadczenie usług na terytorium kraju należy ująć kwotę marży netto (a nie kwotę należną ze sprzedaży).
Przedsiębiorcy prowadzący komis powinni więc zwrócić szczególną uwagę na charter rozliczania podatkowego tego typu transakcji. Ich przychodem nie jest bowiem pełna wartość należności otrzymana za sprzedaż danej rzeczy a jedynie kwota prowizji otrzymanej za dokonanie tej sprzedaży. Wartość prowizji komis ustala z właścicielem danej rzeczy na podstawie umowy komisu jaką zawierają w momencie oddania rzeczy w komis.
