Przedsiębiorca decydujący się na zawieszenie działalności powinien pamiętać, iż niemieszkalne budynki, budowle oraz grunty podlegają opodatkowaniu podatkiem dochodowym zgodnie z wyższymi stawkami, przewidzianymi dla działalności gospodarczej również w trakcie zawieszenia. Zgodnie z przepisami gmina może jednak podjąć uchwałę, zgodnie z którą stawki te zostaną zmniejszone, z uwzględnieniem górnych granic stawek obowiązujących w danym roku podatkowym.
Zgodnie bowiem z opinią Ministra Finansów, w okresie niewykonywania przez przedsiębiorcę działalności gospodarczej grunty, budynki i budowle nadal pozostają w jego posiadaniu i podlegają opodatkowaniu podatkiem od nieruchomości według wyższych stawek.
Pogląd ten znajduje również oparcie w bogatym orzecznictwie sądowoadministracyjnym (np. wyrok z 3 kwietnia 2012 r., sygn. I SA/Bd 24/12, wyrok z dnia 2 lutego 2011 r., sygn. I SA/Gd 1028/10, wyrok z dnia 10 września 2009 r., sygn. I SA/OI 474/09).
W odpowiedzi na interpelację poselską 17438/13 minister wyjaśnił również, iż gmina może rozwiązać kwestię zastosowania niższych stawek w okresie zawieszenia działalności. Rady gminy bowiem mają prawo do różnicowania stawek podatku od nieruchomości, uwzględniając sposób wykorzystania opodatkowanych przedmiotów. Gminy mogą określić w uchwale niższe stawki podatku od nieruchomości obowiązujące w okresie zawieszenia działalności.
Co więcej, w myśl art. 7 ust. 3 ustawy o podatkach i opłatach lokalnych, rada gminy jest uprawniona do wprowadzenia, również w drodze uchwały, innych niż ustawowe zwolnień przedmiotowych w podatku od nieruchomości, w tym np. dla przedmiotów opodatkowania w okresie zawieszenia wykonywania działalności gospodarczej – również z uwzględnieniem przepisów dotyczących pomocy publicznej.
