Wykreślenie z rejestru podatników VAT - jakie kroki podjąć?

W wielu branżach podatnicy, mimo że nie muszą być podatnikami VAT czynnymi, dokonują rejestracji. Dla kontrahentów będących czynnymi podatnikami VAT faktura z wykazanym podatkiem oznacza możliwość jego odliczenia, dlatego taki status bywa warunkiem udziału w przetargach lub współpracy z większymi firmami. Ponadto inwestując, mogą odliczyć podatek VAT, co pozwala na duże oszczędności. W artykule zostanie opisane jakie kroki należy podjąć, gdy nastąpiło wykreślenie z rejestru podatników VAT.

Zwolnienie z VAT

Zgodnie z art. 113 ust. 1 Ustawy o podatku od towarów i usług zwalnia się od podatku sprzedaż dokonywaną przez podatnika posiadającego siedzibę działalności gospodarczej na terytorium kraju, u którego wartość sprzedaży, z wyłączeniem podatku, nie przekroczyła w poprzednim ani bieżącym roku podatkowym kwoty 240 000 zł. Limit 240 000 zł obowiązuje od 1 stycznia 2026 r. – wcześniej wynosił 200 000 zł. Podatnicy, u których wartość sprzedaży w 2025 r. przekroczyła 200 000 zł, ale nie przekroczyła 240 000 zł, mogą od 1 stycznia 2026 r. ponownie korzystać ze zwolnienia podmiotowego. 

Do wartości sprzedaży, o której mowa powyżej, nie wlicza się również:

1. wewnątrzwspólnotowej sprzedaży towarów na odległość i sprzedaży na odległość towarów importowanych, które nie podlegają opodatkowaniu na terytorium kraju;

2. odpłatnej dostawy towarów i odpłatnego świadczenia usług, zwolnionych od podatku na podstawie art. 43 ust. 1 lub przepisów wydanych na podstawie art. 82 ust. 3, z wyjątkiem:

• transakcji związanych z nieruchomościami,

• usług, o których mowa w art. 43 ust. 1 pkt 7, 12 i 38–41,

• usług ubezpieczeniowych i reasekuracyjnych 

– jeżeli czynności te nie mają charakteru transakcji pomocniczych; 

3. odpłatnej dostawy towarów, które na podstawie przepisów o podatku dochodowym są zaliczane przez podatnika do środków trwałych oraz wartości niematerialnych i prawnych podlegających amortyzacji.

W przypadku, gdy wartość sprzedaży zwolnionej od podatku przekroczy kwotę, o której mowa powyżej, zwolnienie traci moc, począwszy od czynności, którą przekroczono tę kwotę.

Rejestracja jako podatnik VAT czynny

W myśl art. 96 ust. 1 ustawy o VAT podmioty, o których mowa w art. 15 i art. 15a, są obowiązane przed dniem wykonania pierwszej czynności określonej w art. 5 złożyć naczelnikowi urzędu skarbowego zgłoszenie rejestracyjne, z zastrzeżeniem ust. 3.

Naczelnik urzędu skarbowego po weryfikacji danych podanych w zgłoszeniu rejestracyjnym rejestruje podatnika jako „podatnika VAT czynnego”, a w przypadku podatników korzystających ze zwolnienia (m.in. z art. 113 ust. 1 i 9 oraz wykonujących wyłącznie czynności zwolnione) – jako „podatnika VAT zwolnionego”. Na wniosek podatnika potwierdza to zarejestrowanie (art. 96 ust. 4 ustawy o VAT).

Podmioty, które rozpoczną dokonywanie sprzedaży opodatkowanej, utracą zwolnienie od podatku lub zrezygnują z tego zwolnienia, obowiązane są do złożenia zgłoszenia rejestracyjnego, o którym mowa w ust. 1, a w przypadku podatników zarejestrowanych jako podatnicy VAT zwolnieni – do aktualizacji tego zgłoszenia w terminach:

• przed dniem dokonania pierwszej sprzedaży towaru lub usługi innych niż zwolnione od podatku na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 2, 2a i 4–41 lub przepisów wydanych na podstawie art. 82 ust. 3, w przypadku rozpoczęcia dokonywania tej sprzedaży;

• przed dniem, w którym podatnik traci prawo do zwolnienia, o którym mowa w art. 113 ust. 1 i 9, w przypadku utraty tego prawa;

• przed początkiem miesiąca, w którym podatnik rezygnuje ze zwolnienia, o którym mowa w art. 43 ust. 1 pkt 3 oraz art. 113 ust. 1 i 9, w przypadku rezygnacji z tego zwolnienia, z zastrzeżeniem pkt 4;

• przed dniem wykonania pierwszej czynności określonej w art. 5, w przypadku rezygnacji ze zwolnienia, o którym mowa w art. 113 ust. 9, od pierwszej wykonanej czynności.

Wykreślenie z rejestru podatników VAT

W niektórych przypadkach podatnicy mogą zostać wykreśleni z rejestru podatników. Przepisy przewidują dwie grupy przesłanek. Naczelnik urzędu skarbowego wykreśla podatnika z rejestru, bez zawiadamiania go o tym (art. 96 ust. 9 ustawy o VAT), gdy:

• podatnik nie istnieje lub

• mimo podjętych udokumentowanych prób nie ma możliwości skontaktowania się z podatnikiem albo jego pełnomocnikiem, lub

• dane podane w zgłoszeniu rejestracyjnym okażą się niezgodne z prawdą, lub

• podatnik albo jego pełnomocnik nie stawia się na wezwania naczelnika urzędu skarbowego, naczelnika urzędu celno-skarbowego, dyrektora izby administracji skarbowej lub Szefa Krajowej Administracji Skarbowej, lub

• posiadane informacje wskazują na prowadzenie przez podatnika działań z zamiarem wykorzystania działalności banków w rozumieniu art. 119zg pkt 1  Ordynacji podatkowej lub spółdzielczych kas oszczędnościowo-kredytowych do celów mających związek z wyłudzeniami skarbowymi w rozumieniu art. 119zg pkt 9 Ordynacji podatkowej, lub

• wobec tego podatnika sąd orzekł, na podstawie odrębnych przepisów, zakaz prowadzenia działalności gospodarczej.

Wykreśleniu z urzędu z rejestru jako podatnik VAT podlega także podatnik (art. 96 ust. 9a ustawy o VAT), który:

• zawiesił wykonywanie działalności gospodarczej na podstawie przepisów dotyczących zawieszenia wykonywania działalności gospodarczej na okres co najmniej 6 kolejnych miesięcy, lub

• będąc obowiązanym do złożenia deklaracji, o której mowa w art. 99 ust. 1, 2 lub 3, nie złożył takich deklaracji za 3 kolejne miesiące lub takiej deklaracji za kwartał, lub

• składał przez 6 kolejnych miesięcy lub 2 kolejne kwartały deklaracje, o których mowa w art. 99 ust. 1, 2 lub 3, w których nie wykazał sprzedaży, nabycia towarów lub usług ani importu towarów z kwotami podatku do odliczenia, lub

• wystawiał faktury lub faktury korygujące, dokumentujące czynności, które nie zostały dokonane, lub

• prowadząc działalność gospodarczą wiedział lub miał uzasadnione podstawy do tego, aby przypuszczać, że dostawcy lub nabywcy biorący udział pośrednio lub bezpośrednio w dostawie tego samego towaru lub usługi uczestniczą w nierzetelnym rozliczaniu podatku w celu odniesienia korzyści majątkowej.

Wykreślenie z powodu nieskładania deklaracji nie nastąpi, jeżeli podatnik w odpowiedzi na wezwanie naczelnika urzędu skarbowego udowodni, że prowadzi opodatkowaną działalność gospodarczą, i niezwłocznie złoży brakujące deklaracje. Podobnie wykreślenie z powodu składania „zerowych” deklaracji nie nastąpi, gdy brak sprzedaży i zakupów wynika – zgodnie z wyjaśnieniami podatnika – ze specyfiki prowadzonej działalności.

Wykreślenie z rejestru podatników VAT – jak przywrócić status podatnika VAT?

Biorąc pod uwagę powyższe, należy stwierdzić, że podatnik może w dość łatwy sposób utracić status czynnego podatnika podatku VAT. Ustawodawca przewidział jednak możliwość przywrócenia rejestracji bez składania nowego VAT-R – dotyczy to m.in. wykreślenia z powodu zawieszenia działalności, nieskładania deklaracji czy braku kontaktu z podatnikiem.

Przykład 1.

Podatnik będący czynnym podatnikiem VAT zawiesił w styczniu 2026 r. prowadzenie działalności gospodarczej. Powyższe spowodowało, że został wykreślony z rejestru. We wrześniu 2026 r. chce wznowić działalność. Czy w takim przypadku winien składać ponownie VAT-R?

W takim przypadku nie ma potrzeby składać ponownie VAT-R. Podatnik wykreślony z rejestru z powodu zawieszenia działalności na co najmniej 6 miesięcy zostaje ponownie zarejestrowany z mocy prawa – z dniem wznowienia działalności i ze statusem, jaki miał przed zawieszeniem.

Przykład 2.

Podatnik nie składał deklaracji VAT za 3 kolejne miesiące. W związku z tym został wykreślony z rejestru. Czy w tym przypadku należy złożyć ponownie VAT-R?

W analizowanym przypadku podatnik nie będzie musiał składać VAT-R pod warunkiem, że złoży zaległe deklaracje oraz wniosek o przywrócenie w terminie 2 miesięcy od dnia wykreślenia i wykaże, że prowadzi opodatkowaną działalność gospodarczą. Jeżeli ten termin upłynie, przywrócenie na wniosek nie jest już możliwe – pozostaje złożenie nowego zgłoszenia rejestracyjnego VAT-R, a podatnik jest rejestrowany na nowo, od dnia wskazanego przez urząd.

Naczelnik urzędu skarbowego, na wniosek podmiotu, o którym mowa w ust. 9 pkt 1–4 i ust. 9a pkt 2, złożony w terminie 2 miesięcy od dnia wykreślenia z rejestru jako podatnika VAT, przywraca zarejestrowanie podmiotu jako podatnika VAT czynnego bez konieczności składania zgłoszenia rejestracyjnego, jeżeli podatnik udowodni, że prowadzi opodatkowaną działalność gospodarczą, a w przypadku nieskładania deklaracji pomimo takiego obowiązku – jeżeli najpóźniej wraz ze złożeniem wniosku o przywrócenie zarejestrowania złoży brakujące deklaracje.

Biorąc pod uwagę powyższe, w wielu przypadkach podatnik nie będzie musiał składać ponownie VAT-R. Wykreślenie z rejestru może nastąpić bez zawiadomienia podatnika, dlatego warto regularnie sprawdzać swój status w wykazie podatników VAT (tzw. białej liście) prowadzonym przez Szefa KAS – im wcześniej wykryte wykreślenie, tym większa szansa na zmieszczenie się w 2-miesięcznym terminie na przywrócenie.